Skip to main content
Erschienen in: Arthritis Research & Therapy 1/2011

01.02.2011 | Commentary

Promise and pitfalls of the Immunochip

verfasst von: Adrian Cortes, Matthew A Brown

Erschienen in: Arthritis Research & Therapy | Ausgabe 1/2011

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

Genomewide association studies (GWAS) have proven a powerful hypothesis-free method to identify common disease-associated variants. Even quite large GWAS, however, have only at best identified moderate proportions of the genetic variants contributing to disease heritability. To provide cost-effective genotyping of common and rare variants to map the remaining heritability and to fine-map established loci, the Immunochip Consortium has developed a 200,000 SNP chip that has been produced in very large numbers for a fraction of the cost of GWAS chips. This chip provides a powerful tool for immunogenetics gene mapping.
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Manolio TA, Collins FS, Cox NJ, Goldstein DB, Hindorff LA, Hunter DJ, McCarthy MI, Ramos EM, Cardon LR, Chakravarti A, Cho JH, Guttmacher AE, Kong A, Kruglyak L, Mardis E, Rotimi CN, Slatkin M, Valle D, Whittemore AS, Boehnke M, Clark AG, Eichler EE, Gibson G, Haines JL, Mackay TF, McCarroll SA, Visscher PM: Finding the missing heritability of complex diseases. Nature. 2009, 461: 747-753. 10.1038/nature08494.PubMedCentralCrossRefPubMed Manolio TA, Collins FS, Cox NJ, Goldstein DB, Hindorff LA, Hunter DJ, McCarthy MI, Ramos EM, Cardon LR, Chakravarti A, Cho JH, Guttmacher AE, Kong A, Kruglyak L, Mardis E, Rotimi CN, Slatkin M, Valle D, Whittemore AS, Boehnke M, Clark AG, Eichler EE, Gibson G, Haines JL, Mackay TF, McCarroll SA, Visscher PM: Finding the missing heritability of complex diseases. Nature. 2009, 461: 747-753. 10.1038/nature08494.PubMedCentralCrossRefPubMed
2.
Zurück zum Zitat Craddock N, Hurles ME, Cardin N, Pearson RD, Plagnol V, Robson S, Vukcevic D, Barnes C, Conrad DF, Giannoulatou E, Holmes C, Marchini JL, Stirrups K, Tobin MD, Wain LV, Yau C, Aerts J, Ahmad T, Andrews TD, Arbury H, Attwood A, Auton A, Ball SG, Balmforth AJ, Barrett JC, Barroso I, Barton A, Bennett AJ, Bhaskar S, Blaszczyk K, et al: Genome-wide association study of CNVs in 16,000 cases of eight common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 2010, 464: 713-720. 10.1038/nature08979.CrossRefPubMed Craddock N, Hurles ME, Cardin N, Pearson RD, Plagnol V, Robson S, Vukcevic D, Barnes C, Conrad DF, Giannoulatou E, Holmes C, Marchini JL, Stirrups K, Tobin MD, Wain LV, Yau C, Aerts J, Ahmad T, Andrews TD, Arbury H, Attwood A, Auton A, Ball SG, Balmforth AJ, Barrett JC, Barroso I, Barton A, Bennett AJ, Bhaskar S, Blaszczyk K, et al: Genome-wide association study of CNVs in 16,000 cases of eight common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 2010, 464: 713-720. 10.1038/nature08979.CrossRefPubMed
3.
Zurück zum Zitat Kaminsky ZA, Tang T, Wang SC, Ptak C, Oh GH, Wong AH, Feldcamp LA, Virtanen C, Halfvarson J, Tysk C, McRae AF, Visscher PM, Montgomery GW, Gottesman II, Martin NG, Petronis A: DNA methylation profiles in monozygotic and dizygotic twins. Nat Genet. 2009, 41: 240-245. 10.1038/ng.286.CrossRefPubMed Kaminsky ZA, Tang T, Wang SC, Ptak C, Oh GH, Wong AH, Feldcamp LA, Virtanen C, Halfvarson J, Tysk C, McRae AF, Visscher PM, Montgomery GW, Gottesman II, Martin NG, Petronis A: DNA methylation profiles in monozygotic and dizygotic twins. Nat Genet. 2009, 41: 240-245. 10.1038/ng.286.CrossRefPubMed
5.
Zurück zum Zitat Yang J, Benyamin B, McEvoy BP, Gordon S, Henders AK, Nyholt DR, Madden PA, Heath AC, Martin NG, Montgomery GW, Goddard ME, Visscher PM: Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height. Nat Genet. 2010, 42: 565-569. 10.1038/ng.608.PubMedCentralCrossRefPubMed Yang J, Benyamin B, McEvoy BP, Gordon S, Henders AK, Nyholt DR, Madden PA, Heath AC, Martin NG, Montgomery GW, Goddard ME, Visscher PM: Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height. Nat Genet. 2010, 42: 565-569. 10.1038/ng.608.PubMedCentralCrossRefPubMed
6.
Zurück zum Zitat Lango Allen H, Estrada K, Lettre G, Berndt SI, Weedon MN, Rivadeneira F, Willer CJ, Jackson AU, Vedantam S, Raychaudhuri S, Ferreira T, Wood AR, Weyant RJ, Segre AV, Speliotes EK, Wheeler E, Soranzo N, Park JH, Yang J, Gudbjartsson D, Heard-Costa NL, Randall JC, Qi L, Vernon Smith A, Magi R, Pastinen T, Liang L, Heid IM, Luan J, et al: Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height. Nature. 2010, 467: 832-838. 10.1038/nature09410.PubMedCentralCrossRefPubMed Lango Allen H, Estrada K, Lettre G, Berndt SI, Weedon MN, Rivadeneira F, Willer CJ, Jackson AU, Vedantam S, Raychaudhuri S, Ferreira T, Wood AR, Weyant RJ, Segre AV, Speliotes EK, Wheeler E, Soranzo N, Park JH, Yang J, Gudbjartsson D, Heard-Costa NL, Randall JC, Qi L, Vernon Smith A, Magi R, Pastinen T, Liang L, Heid IM, Luan J, et al: Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height. Nature. 2010, 467: 832-838. 10.1038/nature09410.PubMedCentralCrossRefPubMed
7.
Zurück zum Zitat Keating BJ, Tischfield S, Murray SS, Bhangale T, Price TS, Glessner JT, Galver L, Barrett JC, Grant SF, Farlow DN, Chandrupatla HR, Hansen M, Ajmal S, Papanicolaou GJ, Guo Y, Li M, Derohannessian S, de Bakker PI, Bailey SD, Montpetit A, Edmondson AC, Taylor K, Gai X, Wang SS, Fornage M, Shaikh T, Groop L, Boehnke M, Hall AS, Hattersley AT, et al: Concept, design and implementation of a cardiovascular gene-centric 50 k SNP array for large-scale genomic association studies. PLoS One. 2008, 3: e3583-10.1371/journal.pone.0003583.PubMedCentralCrossRefPubMed Keating BJ, Tischfield S, Murray SS, Bhangale T, Price TS, Glessner JT, Galver L, Barrett JC, Grant SF, Farlow DN, Chandrupatla HR, Hansen M, Ajmal S, Papanicolaou GJ, Guo Y, Li M, Derohannessian S, de Bakker PI, Bailey SD, Montpetit A, Edmondson AC, Taylor K, Gai X, Wang SS, Fornage M, Shaikh T, Groop L, Boehnke M, Hall AS, Hattersley AT, et al: Concept, design and implementation of a cardiovascular gene-centric 50 k SNP array for large-scale genomic association studies. PLoS One. 2008, 3: e3583-10.1371/journal.pone.0003583.PubMedCentralCrossRefPubMed
9.
Zurück zum Zitat Leslie S, Donnelly P, McVean G: A statistical method for predicting classical HLA alleles from SNP data. Am J Hum Genet. 2008, 82: 48-56. 10.1016/j.ajhg.2007.09.001.PubMedCentralCrossRefPubMed Leslie S, Donnelly P, McVean G: A statistical method for predicting classical HLA alleles from SNP data. Am J Hum Genet. 2008, 82: 48-56. 10.1016/j.ajhg.2007.09.001.PubMedCentralCrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Promise and pitfalls of the Immunochip
verfasst von
Adrian Cortes
Matthew A Brown
Publikationsdatum
01.02.2011
Verlag
BioMed Central
Erschienen in
Arthritis Research & Therapy / Ausgabe 1/2011
Elektronische ISSN: 1478-6362
DOI
https://doi.org/10.1186/ar3204

Weitere Artikel der Ausgabe 1/2011

Arthritis Research & Therapy 1/2011 Zur Ausgabe

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag

Mehr Lebenszeit mit Abemaciclib bei fortgeschrittenem Brustkrebs?

24.05.2024 Mammakarzinom Nachrichten

In der MONARCHE-3-Studie lebten Frauen mit fortgeschrittenem Hormonrezeptor-positivem, HER2-negativem Brustkrebs länger, wenn sie zusätzlich zu einem nicht steroidalen Aromatasehemmer mit Abemaciclib behandelt wurden; allerdings verfehlte der numerische Zugewinn die statistische Signifikanz.

ADT zur Radiatio nach Prostatektomie: Wenn, dann wohl länger

24.05.2024 Prostatakarzinom Nachrichten

Welchen Nutzen es trägt, wenn die Strahlentherapie nach radikaler Prostatektomie um eine Androgendeprivation ergänzt wird, hat die RADICALS-HD-Studie untersucht. Nun liegen die Ergebnisse vor. Sie sprechen für länger dauernden Hormonentzug.

„Überwältigende“ Evidenz für Tripeltherapie beim metastasierten Prostata-Ca.

22.05.2024 Prostatakarzinom Nachrichten

Patienten mit metastasiertem hormonsensitivem Prostatakarzinom sollten nicht mehr mit einer alleinigen Androgendeprivationstherapie (ADT) behandelt werden, mahnt ein US-Team nach Sichtung der aktuellen Datenlage. Mit einer Tripeltherapie haben die Betroffenen offenbar die besten Überlebenschancen.

So sicher sind Tattoos: Neue Daten zur Risikobewertung

22.05.2024 Melanom Nachrichten

Das größte medizinische Problem bei Tattoos bleiben allergische Reaktionen. Melanome werden dadurch offensichtlich nicht gefördert, die Farbpigmente könnten aber andere Tumoren begünstigen.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.