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Archives of Virology
Erschienen in: Archives of Virology 10/2010

01.10.2010 | Annotated Sequence Record

Molecular variation of hop mosaic virus isolates

verfasst von: Fiona S. Poke, Damian R. Crowle, Simon P. Whittock, Calum R. Wilson

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 10/2010

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Abstract

Hop mosaic virus (HpMV), a member of the genus Carlavirus, is importance to hop production worldwide. We identified variation in nucleic and amino acid sequences among 23 HpMV isolates from Australia, the USA, the Czech Republic, South Africa and Japan using a 1,455-bp fragment covering the 3′ end of the virus genome including ORFs 4, 5 and 6. Three clusters of two or more isolates were identified in phylogenies of the total nucleotide sequence and the coat protein (ORF5) amino acid sequence. Two of these clusters combined in analyses of ORF4 and ORF6 amino acid sequences. Isolates from within and outside of Australia were found in each cluster, indicating that sequence variation was not associated with geographic source. Monitoring of HpMV variants in the field and evaluation of the impact of variants on vector association, rate of spread, and hop yield and quality can now be undertaken.
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Metadaten
Titel
Molecular variation of hop mosaic virus isolates
verfasst von
Fiona S. Poke
Damian R. Crowle
Simon P. Whittock
Calum R. Wilson
Publikationsdatum
01.10.2010
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 10/2010
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-010-0780-3

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