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Erschienen in: medizinische genetik 4/2008

01.12.2008 | CME Weiterbildung • Zertifizierte Fortbildung

Molekulare Karyotypisierung in der klinischen Anwendung

verfasst von: Dr. A. Dufke, O. Riess, M. Bonin

Erschienen in: medizinische genetik | Ausgabe 4/2008

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Zusammenfassung

In den vergangenen Jahren hat sich die Anwendung der Mikroarraytechnologie für die Detektion von putativ pathologischen submikroskopischen Copy-Number-Variationen (CNV) einen festen Platz in der molekularen Zytogenetik erobert. Neben der Identifikation somatischer CNV in der onkologischen Diagnostik wird diese Technologie nunmehr für die Analyse von konstitutionellen CNV bei Patienten mit mentaler Retardierung genutzt. Arraybasierte genomische Hybridisierungen zeigen eine deutliche Verbesserung zu der bereits seit Jahren angewendeten komparativen genomischen Hybridisierung (CGH). Insbesondere weisen die dazugehörigen Technologien eine verbesserte Auflösung von weniger als 100 kb für Deletionen und Duplikationen auf und haben damit eine deutlich bessere Aufklärungsrate von Krankheiten mit Behinderungen ungeklärter Ursache. In einigen Zentren gehört die Arraytechnologie daher bereits zur Routinetechnologie der Syndromabklärung. Im vorliegenden Beitrag soll deshalb auch auf die Gemeinsamkeiten bzw. Unterschiede der verschiedenen Basistechnologien der Arraytechnik eingegangen werden.
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Adeyinka A, Adams SA, Lorentz CP et al. (2005) Subtelomere deletions and translocations are freqeuently familial. Am J Med Genet 135A: 28–35CrossRef Adeyinka A, Adams SA, Lorentz CP et al. (2005) Subtelomere deletions and translocations are freqeuently familial. Am J Med Genet 135A: 28–35CrossRef
2.
Zurück zum Zitat Altug-Teber O, Dufke A, Poths S et al. (2005) A rapid microarray based whole genome analysis for detection of uniparental disomy. Hum Mutat 26: 153–159PubMedCrossRef Altug-Teber O, Dufke A, Poths S et al. (2005) A rapid microarray based whole genome analysis for detection of uniparental disomy. Hum Mutat 26: 153–159PubMedCrossRef
3.
Zurück zum Zitat Balikova I, Martens K, Melotte C et al. (2008) Autosomal-dominant microtia linked to five tandem copies of a copy-number-variable region at chromosome 4p16. Am J Hum Genet 82: 181–187PubMedCrossRef Balikova I, Martens K, Melotte C et al. (2008) Autosomal-dominant microtia linked to five tandem copies of a copy-number-variable region at chromosome 4p16. Am J Hum Genet 82: 181–187PubMedCrossRef
4.
Zurück zum Zitat Balliff BC, Rorem EA, Sundin K et al. (2006) Detection of low-level mosaicism by array CGH in routine diagnostic specimens. Am J Med Genet 140A: 2757–2767CrossRef Balliff BC, Rorem EA, Sundin K et al. (2006) Detection of low-level mosaicism by array CGH in routine diagnostic specimens. Am J Med Genet 140A: 2757–2767CrossRef
5.
Zurück zum Zitat Barber JC (2005) Directly transmitted unbalanced chromosome abnormalities and euchromatic variants. J Med Genet 42: 609–629PubMedCrossRef Barber JC (2005) Directly transmitted unbalanced chromosome abnormalities and euchromatic variants. J Med Genet 42: 609–629PubMedCrossRef
6.
Zurück zum Zitat Carvalho B, Ouwerkerk E, Meijer GA et al. (2004) High resolution microarray comparative genomic hybridisation analysis using spotted oligonucleotides. J Clin Pathol 57: 644–646PubMedCrossRef Carvalho B, Ouwerkerk E, Meijer GA et al. (2004) High resolution microarray comparative genomic hybridisation analysis using spotted oligonucleotides. J Clin Pathol 57: 644–646PubMedCrossRef
7.
Zurück zum Zitat De Vries BB, Pfundt R, Leisink M et al. (2005) Diagnostic genome profiling in mental retardation. Am J Hum Genet 77: 606–616CrossRef De Vries BB, Pfundt R, Leisink M et al. (2005) Diagnostic genome profiling in mental retardation. Am J Hum Genet 77: 606–616CrossRef
8.
9.
Zurück zum Zitat Filges I, Noppen C, Röthlisberger B et al. (2008) Copy number variation 13q: a large interstitial deletion with benign phenotype. Med Genet 20: 84 Filges I, Noppen C, Röthlisberger B et al. (2008) Copy number variation 13q: a large interstitial deletion with benign phenotype. Med Genet 20: 84
10.
Zurück zum Zitat Friedman JM, Baross A, Delaney AD et al. (2006) Oligonucleotide microarray analysis of genomic imbalance in children with mental retardation. Am J Hum Genet 79: 500–513PubMedCrossRef Friedman JM, Baross A, Delaney AD et al. (2006) Oligonucleotide microarray analysis of genomic imbalance in children with mental retardation. Am J Hum Genet 79: 500–513PubMedCrossRef
11.
Zurück zum Zitat Geschwind DH, Gregg J, Boone K et al. (1998) Klinefelter’s syndrome as a model of anomalous cerebral laterality: testing gene dosage in the X chromosome pseudoautosomal region using a DNA microarray. Dev Genet 23: 215–229PubMedCrossRef Geschwind DH, Gregg J, Boone K et al. (1998) Klinefelter’s syndrome as a model of anomalous cerebral laterality: testing gene dosage in the X chromosome pseudoautosomal region using a DNA microarray. Dev Genet 23: 215–229PubMedCrossRef
12.
Zurück zum Zitat Gribble SM, Prigmore E, Burford DC et al. (2005) The complex nature of constitutional de novo apparently balanced translocations in patients presenting with abnormal phenotypes. J Med Genet 42: 8–16PubMedCrossRef Gribble SM, Prigmore E, Burford DC et al. (2005) The complex nature of constitutional de novo apparently balanced translocations in patients presenting with abnormal phenotypes. J Med Genet 42: 8–16PubMedCrossRef
13.
Zurück zum Zitat Hengstschläger M, Prusa A, Repa C et al. (2005) Subtelomeric rearrangements as neutral genomic polymorphisms. Am J Med Genet 133A: 48–52CrossRefPubMed Hengstschläger M, Prusa A, Repa C et al. (2005) Subtelomeric rearrangements as neutral genomic polymorphisms. Am J Med Genet 133A: 48–52CrossRefPubMed
14.
Zurück zum Zitat Iafrate AJ, Feuk L, Rivera MN et al. (2004) Detection of large-scale variation in the human genome. Nat Genet 36: 949–951PubMedCrossRef Iafrate AJ, Feuk L, Rivera MN et al. (2004) Detection of large-scale variation in the human genome. Nat Genet 36: 949–951PubMedCrossRef
15.
Zurück zum Zitat Klopocki E, Schulze H, Strauß G et al. (2007) Complex inheritance pattern resembling autosomal recessive inheritance involving a microdeletion in thrombocytopenia – absent radius syndrome. Am J Hum Genet 80: 232–240PubMedCrossRef Klopocki E, Schulze H, Strauß G et al. (2007) Complex inheritance pattern resembling autosomal recessive inheritance involving a microdeletion in thrombocytopenia – absent radius syndrome. Am J Hum Genet 80: 232–240PubMedCrossRef
16.
Zurück zum Zitat Lucito R, Healy J, Alexander J et al. (2003) Representational oligonucleotide microarray analysis: a high-resolution method to detect genome copy number variation. Genome Res 13: 2291–2305PubMedCrossRef Lucito R, Healy J, Alexander J et al. (2003) Representational oligonucleotide microarray analysis: a high-resolution method to detect genome copy number variation. Genome Res 13: 2291–2305PubMedCrossRef
17.
Zurück zum Zitat Osborne LR, Li M, Pober B et al. (2001) A 1.5 million-base pair inversion polymorphism in families with Williams-Beuren syndrome. Nat Genet 29: 321–325PubMedCrossRef Osborne LR, Li M, Pober B et al. (2001) A 1.5 million-base pair inversion polymorphism in families with Williams-Beuren syndrome. Nat Genet 29: 321–325PubMedCrossRef
18.
Zurück zum Zitat Perry GH, Ben-Dor A, Tsalenko A et al. (2008) The fine-scale and complex architecture of human copy-number variation. Am J Hum Genet 82: 685–695PubMedCrossRef Perry GH, Ben-Dor A, Tsalenko A et al. (2008) The fine-scale and complex architecture of human copy-number variation. Am J Hum Genet 82: 685–695PubMedCrossRef
19.
Zurück zum Zitat Pollack JR, Perou CM, Alizadeh AA et al. (1999) Genome-wide analysis of DNA copy-number changes using cDNA microarrays. Nat Genet 23: 41–46PubMedCrossRef Pollack JR, Perou CM, Alizadeh AA et al. (1999) Genome-wide analysis of DNA copy-number changes using cDNA microarrays. Nat Genet 23: 41–46PubMedCrossRef
20.
Zurück zum Zitat Rauch A, Hoyer J, Guth S et al. (2006) Diagnostic yield of various genetic approaches in patients with unexplained developmental delay or mental retardation. Am J Med Genet 140A: 2063–2074CrossRef Rauch A, Hoyer J, Guth S et al. (2006) Diagnostic yield of various genetic approaches in patients with unexplained developmental delay or mental retardation. Am J Med Genet 140A: 2063–2074CrossRef
21.
Zurück zum Zitat Redon R, Ishikawa S, Fitch KR et al. (2006) Global variation in copy number in the human genome. Nature 444: 444–454PubMedCrossRef Redon R, Ishikawa S, Fitch KR et al. (2006) Global variation in copy number in the human genome. Nature 444: 444–454PubMedCrossRef
22.
Zurück zum Zitat Sebat J, Lakshmi B, Troge J et al. (2004) Large-scale copy number polymorphism in the human genome. Science 305: 525–528PubMedCrossRef Sebat J, Lakshmi B, Troge J et al. (2004) Large-scale copy number polymorphism in the human genome. Science 305: 525–528PubMedCrossRef
23.
Zurück zum Zitat Van Karnebeek CD, Jansweijer MC, Leenders AG et al. (2005) Diagnostic investigations in individuals with mental retardation: a systematic literature review of their usefulness. Eur J Hum Genet 13: 6–25CrossRef Van Karnebeek CD, Jansweijer MC, Leenders AG et al. (2005) Diagnostic investigations in individuals with mental retardation: a systematic literature review of their usefulness. Eur J Hum Genet 13: 6–25CrossRef
24.
Zurück zum Zitat Vermeesch JR, Fiegler H, De Leeuw N et al. (2007) Guidelines for molecular karyotyping in constitutional genetic diagnosis. Eur J Hum Genet 15: 1105–1114PubMedCrossRef Vermeesch JR, Fiegler H, De Leeuw N et al. (2007) Guidelines for molecular karyotyping in constitutional genetic diagnosis. Eur J Hum Genet 15: 1105–1114PubMedCrossRef
25.
Zurück zum Zitat Vissers LE, De Vries BB, Osoegawa K et al. (2003) Array-based comparative genomic hybridization for the genomewide detection of submicroscopic chromosomal abnormalities. Am J Hum Genet 73: 1261–1270PubMedCrossRef Vissers LE, De Vries BB, Osoegawa K et al. (2003) Array-based comparative genomic hybridization for the genomewide detection of submicroscopic chromosomal abnormalities. Am J Hum Genet 73: 1261–1270PubMedCrossRef
26.
Zurück zum Zitat Wang DG, Fan JB, Siao CJ et al. (1998) Large-scale identification, mapping, and genotyping of single-nucleotide polymorphisms in the human genome. Science 280: 1077–1082PubMedCrossRef Wang DG, Fan JB, Siao CJ et al. (1998) Large-scale identification, mapping, and genotyping of single-nucleotide polymorphisms in the human genome. Science 280: 1077–1082PubMedCrossRef
27.
Zurück zum Zitat Yu S, Baker E, Hinton L et al. (2005) Frequency of truly cryptic subtelomere abnormalities – a study of 534 patients and literature review. Clin Genet 68: 436–441PubMedCrossRef Yu S, Baker E, Hinton L et al. (2005) Frequency of truly cryptic subtelomere abnormalities – a study of 534 patients and literature review. Clin Genet 68: 436–441PubMedCrossRef
28.
Zurück zum Zitat Zahir F, Friedman JM (2007) The impact of array genomic hybridization on mental retardation research: a review of current technologies and their clinical utility. Clin Genet 72: 271–287PubMedCrossRef Zahir F, Friedman JM (2007) The impact of array genomic hybridization on mental retardation research: a review of current technologies and their clinical utility. Clin Genet 72: 271–287PubMedCrossRef
Metadaten
Titel
Molekulare Karyotypisierung in der klinischen Anwendung
verfasst von
Dr. A. Dufke
O. Riess
M. Bonin
Publikationsdatum
01.12.2008
Verlag
Springer-Verlag
Erschienen in
medizinische genetik / Ausgabe 4/2008
Print ISSN: 0936-5931
Elektronische ISSN: 1863-5490
DOI
https://doi.org/10.1007/s11825-008-0112-0

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