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20.01.2017 | Annotated Sequence Record | Ausgabe 5/2017

Archives of Virology 5/2017

The genome sequence of a novel RNA virus in Adelphocoris suturalis

Zeitschrift:
Archives of Virology > Ausgabe 5/2017
Autoren:
Xinlian Li, Pengjun Xu, Xianming Yang, He Yuan, Lizhen Chen, Yanhui Lu
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.​1007/​s00705-016-3211-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Abstract

The complete genome of a novel virus found in Adelphocoris suturalis was determined by RNA-seq and named Adelphocoris suturalis-associated virus 1 (ASV1). ASV1 has a single-stranded RNA genome of 10,845 nucleotides in length and contains five putative open reading frames (ORFs). ORF1 encodes a polypeptide of 2592 amino acids (aa) and contains four conserved domains: a viral RNA methyltransferase domain, an FtsJ-like methyltransferase domain, a viral RNA helicase domain and an RNA-dependent RNA polymerase domain. ORF2, ORF3, ORF4 and ORF5 encode polypeptides of 190, 461, 103 and 159 aa, respectively, of which only ORF5 contains a conserved domain, the Tobacco mosaic virus-coat superfamily. Phylogenetic analysis with the deduced amino acid sequences indicated that ASV1 clusters with the Drosophila-related Boutonnet virus. The similar genomic structure and high bootstrap value identified in the maximum-likelihood tree suggest that ASV1 (possibly alongside Boutonnet virus) could be considered the prototype of a new taxon of unclassified insect viruses. The prevalence of ASV1 infection in wild populations of A. suturalis was at a low level (6.60%, 14 positives from 212 samples).

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