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Erschienen in: Archives of Virology 3/2019

17.01.2019 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of a novel negevirus isolated from Culex tritaeniorhynchus in China

verfasst von: Yuanyuan Wang, Xiaofang Guo, Honghong Peng, Yunlan Lu, Xucan Zeng, Ke Dai, Shuqing Zuo, Hongning Zhou, Jiusong Zhang, Yigang Tong

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 3/2019

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Abstract

A novel negevirus, tentatively named Manglie virus (MaV), was isolated from Culex tritaeniorhynchus from the village of Manglie, Yunnan, China, in August 2011. It was identified by high-throughput sequencing of cell culture supernatants, and the complete genome was sequenced using an Illumina MiSeq sequencer. The complete MaV genome comprised 9,218 nt encoding three hypothetical proteins and had a poly(A) tail. BLASTn analysis showed that the genome had the greatest similarity to Ngewotan virus strain Nepal22, with query coverage of 100% and 79% identity. Genomic and phylogenetic analyses demonstrated that MaV should be considered a novel negevirus.
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Literatur
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Zurück zum Zitat Ferreira DD, Cook S, Lopes Â, de Matos AP, Esteves A, Abecasis A, de Almeida AP, Piedade J, Parreira R (2013) Characterization of an insect-specific flavivirus (OCFVPT) co-isolated from Ochlerotatus caspius collected in southern Portugal along with a putative new Negev-like virus. Virus Genes 47(3):532–545. https://doi.org/10.1007/s11262-013-0960-9 CrossRefPubMed Ferreira DD, Cook S, Lopes Â, de Matos AP, Esteves A, Abecasis A, de Almeida AP, Piedade J, Parreira R (2013) Characterization of an insect-specific flavivirus (OCFVPT) co-isolated from Ochlerotatus caspius collected in southern Portugal along with a putative new Negev-like virus. Virus Genes 47(3):532–545. https://​doi.​org/​10.​1007/​s11262-013-0960-9 CrossRefPubMed
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Zurück zum Zitat Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA, Formsma K, Gerdes S, Glass EM, Kubal M, Meyer F, Olsen GJ, Olson R, Osterman AL, Overbeek RA, McNeil LK, Paarmann D, Paczian T, Parrello B, Pusch GD, Reich C, Stevens R, Vassieva O, Vonstein V, Wilke A, Zagnitko O (2008) The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genom 9:75. https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-75 CrossRef Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA, Formsma K, Gerdes S, Glass EM, Kubal M, Meyer F, Olsen GJ, Olson R, Osterman AL, Overbeek RA, McNeil LK, Paarmann D, Paczian T, Parrello B, Pusch GD, Reich C, Stevens R, Vassieva O, Vonstein V, Wilke A, Zagnitko O (2008) The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genom 9:75. https://​doi.​org/​10.​1186/​1471-2164-9-75 CrossRef
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Zurück zum Zitat Marchler-Bauer A, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, De Weese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, He S, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Liebert CA, Liu C, Lu F, Lu S, Marchler GH, Mullokandov M, Song JS, Tasneem A, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Bryant SH (2009) CDD: specific functional annotation with the Conserved Domain Database. Nucleic Acids Res 37(Database issue):D205–D210. https://doi.org/10.1093/nar/gkn845 CrossRefPubMed Marchler-Bauer A, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, De Weese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, He S, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Liebert CA, Liu C, Lu F, Lu S, Marchler GH, Mullokandov M, Song JS, Tasneem A, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Bryant SH (2009) CDD: specific functional annotation with the Conserved Domain Database. Nucleic Acids Res 37(Database issue):D205–D210. https://​doi.​org/​10.​1093/​nar/​gkn845 CrossRefPubMed
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Metadaten
Titel
Complete genome sequence of a novel negevirus isolated from Culex tritaeniorhynchus in China
verfasst von
Yuanyuan Wang
Xiaofang Guo
Honghong Peng
Yunlan Lu
Xucan Zeng
Ke Dai
Shuqing Zuo
Hongning Zhou
Jiusong Zhang
Yigang Tong
Publikationsdatum
17.01.2019
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 3/2019
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-018-04133-5

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