Introduction
Methodology
Source of serum samples
RNA isolation from serum, cDNA synthesis and sequencing of HCV E2 gene
Sequence analysis of E2 protein
De novo protein modeling and quality assessment
Epitopes prediction from E2 protein
The conservancy of epitopes
Results and discussion
cDNA synthesis and cloning of E2 protein
Sequence analysis of E2 protein
Predicted bonds | |
---|---|
46 – 267 | RTALNCNDSIN – RLSAACNWTRG |
69 – 104 | FNSTGCPSMLS – DDKPYCWHYAP |
76 – 187 | SMLSSCKPITF – CGAPSCDIYGG |
112 – 275 | YAPRSCSTVPA – TRGERCDIEDR |
121 – 170 | PASSVCGPVYC – GRWFGCVWMNS |
126 – 208 | CGPVYCFTPSP – FCPTDCFRKHP |
160 – 204 | FLLESCGPPSG – DTDLFCPTDCF |
220 – 300 | ATYSRCGAGPW – LAILPCSFTPM |
230 – 243 | WLTPRCMVDYP – LWHYPCTVNFT |
De novo models and quality assessment
Model 1 | Model 2 | Model 3 | Model 4 | Model 5 | |
---|---|---|---|---|---|
I-TASSER (C-score) | -1.17 | -3.11 | -3.12 | -3.17 | -3.35 |
DFIRE2 | -420.54 | -586.18 | -573.31 | -579.41 | -599.08 |
PROCHECK | |||||
Allowed | 82.1% | 69.4% | 72.9% | 69.8% | 70.4% |
Additionally allowed | 13.7% | 19.6% | 17.9% | 19.6% | 20.3% |
Generously allowed | 2.7% | 4.1% | 5.2% | 5.5% | 3.8% |
Disallowed | 1.4% | 6.9% | 4.1% | 5.2% | 5.5% |
Epitopes prediction for the vaccine development
B-cell epitopes prediction
Starting position | Epitope | BCPreds score | Antigenicity score |
---|---|---|---|
160 |
CGPPSGRWFGCV
|
0.998
|
-0.7569
|
82 | FNQGWGPLTDGN | 0.969 | 0.9925 |
188 | DIYGGNGRRGND | 0.965 | 1.4612 |
136 | TTDAKGVPTYNW | 0.93 | 0.4148 |
29 | QLINTNGSWHIN | 0.916 | 0.7087 |
278 | EDRDRSEQHPLL | 0.892 | 0.5071 |
108 |
APRSCSTVPASS
|
0.849
|
-0.0164
|
221 | GAGPWLTPRCMV | 0.827 | 0.4537 |
203 |
FCPTDCFRKHPE
|
0.819
|
-0.1963
|
123 | PVYCFTPSPVVV | 0.812 | 0.9481 |
60 | YRYRFNSTGCPS | 0.806 | 0.9192 |
43 | ALNCNDSINTGF | 0.679 | 0.8184 |
95 | SGPSDDKPYCWH | 0.645 | 1.2504 |
174 |
NSTGFLKTCGAP
|
0.587
|
-0.3698
|
301 | SFTPMPALSTGL | 0.56 | 0.6394 |
234 | YPYRLWHYPCTV | 0.383 | 0.4361 |
265 | AACNWTRGERCD | 0.311 | 0.4919 |
252 |
VRMFVGGFEHRL
|
0.291
|
0.1934
|
T cell epitopes prediction
Starting position | Peptide | Allele | Antigenicity score |
---|---|---|---|
81 | FFNQGWGPL | HLA-A24, HLA-B_3801, HLA-B_3902, HLA-B_5301, HLA-B_5401, HLA-B_51, HLA-B_0702, HLA-Cw_0401, MHC-Kd | 1.0281 |
128 | TPSPVVVGT | HLA-B_3501, HLA-B_5101, HLA-B_5102, HLA-B_5103, MHC-Ld | 1.5496 |
12 |
STSSLTSLL
|
HLA-B _3701, HLA-B _3902, HLA-B _5801, HLA-B60, HLA-B7, HLA-Cw _0602, MHC-Kb
|
0.0685
|
1 |
VTHTVGGSV
|
HLA-B _5103, HLA-B _5301, HLA-B _51, HLA-B _5801, HLA-B61
|
0.2406
|
Starting position | Peptide | Allele | Antigenicity score |
---|---|---|---|
28 |
LQLINTNGS
|
DRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328, DRB1_1506, DRB5_0101, DRB5_0105
|
-0.2636
|
64 | FNSTGCPSM | DRB1_0101, DRB1_0701, DRB1_0703, | 0.6645 |
179 |
LKTCGAPSC
|
DRB1_0101, DRB1_0102,
|
-0.2346
|
31 | INTNGSWHI | DRB1_0102, DRB1_0402, DRB1_0701, DRB1_0703, | 1.0793 |
124 | VYCFTPSPV | DRB1_0102, DRB1_0423, DRB1_1501, DRB1_1506 | 1.4124 |
154 |
VFLLESCGP
|
DRB1_0102, DRB1_0404, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423,
|
-1.3987
|
58 |
LIYRYRFNS
|
DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328, DRB1_1501, DRB1_1506
|
-0.051
|
72 |
MLSSCKPIT
|
DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_1107
|
-0.3409
|
132 | VVVGTTDAK | DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_1107, | 1.8645 |
37 |
WHINRTALN
|
DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0401, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0806, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1128, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1321, DRB1_1323
|
0.3868
|
62 | YRFNSTGCP | DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0401, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_1101, DRB1_1120, DRB1_1128, DRB1_1302, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1321, | 0.9493 |
105 | WHYAPRSCS | DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1128, DRB1_1302, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1323 | 0.5807 |
172 |
WMNSTGFLK
|
DRB1_0305, DRB5_0101, DRB5_0105
|
0.1523
|
169 | WTRGERCDI | DRB1_0305, DRB1_0309, | 0.9138 |
54 | FIAGLIYRY | DRB1_0309, | 0.4518 |
127 | FTPSPVVVG | DRB1_0309, DRB1_0421 | 1.3553 |
239 | WHYPCTVNF | DRB1_0309, DRB1_0405, DRB1_0421, DRB1_0703 | 0.7657 |
167 |
WFGCVWMNS
|
DRB1_0401, DRB1_0408, DRB1_1101
|
0.2989
|
60 | YRYRFNSTG | DRB1_0402, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0421, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_0817, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1502 | 1.5053 |
247 | FTLFKVRMF | DRB1_0402, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328 | 0.0943 |
256 | VGGFEHRLS | DRB1_0402, DRB1_1102, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328 | 1.3166 |
252 |
VRMFVGGFE
|
DRB1_0405, DRB1_0410, DRB1_0801, DRB1_0806, DRB1_0817, DRB1_1304, DRB1_1321, DRB1_1501, DRB1_1502, DRB1_1506
|
-0.4355
|
147 |
WGENETDVF
|
DRB1_0421
|
-0.0038
|
125 | YCFTPSPVV | DRB1_0701, DRB1_0703 | 1.2112 |
241 | YPCTVNFTL | DRB1_0701, DRB1_0703 | 0.9270 |
259 | FEHRLSAAC | DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0813 | 1.8179 |
277 | IEDRDRSEQ | DRB1_0813 | 0.5283 |
103 | YCWHYAPRS | DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1323 | 1.3992 |
190 | YGGNGRRGN | DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1323 | 2.2420 |
209 | FRKHPEATY | DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1323, | 0.8056 |
236 | YRLWHYPCT | DRB1_1502, DRB1_1506 | 0.5131 |
245 | VNFTLFKVR | DRB5_0101, DRB5_0105 | 0.9765 |
59 | IYRYRFNST | DRB1_1501, DRB1_1502, DRB1_1506 | 0.9405 |
55 | IAGLIYRYR | DRB5_0101, DRB5_0105 | 1.4380 |
Conservancy and structural analysis of predicted epitopes
Epitopes | B-cell/T-cell |
---|---|
PVYCFTPSPVVV | B-cell |
TPSPVVVGT | T-cell (HLA-B_3501, HLA-B_5101, HLA-B_5102, HLA-B_5103, MHC-Ld) |
VYCFTPSPV | T-cell (DRB1_0102, DRB1_0423, DRB1_1501, DRB1_1506) |
FTPSPVVVG | T-cell (DRB1_0309, DRB1_0421) |
YCFTPSPVV | T-cell (DRB1_0701, DRB1_0703) |
YRLWHYPCT | T-cell (DRB1_1502, DRB1_1506) |