Skip to main content
Erschienen in: Archives of Virology 12/2022

10.09.2022 | Brief Report

Genetic characteristics of archival noroviruses detected from the 1970s to the 1990s

verfasst von: Kohji Mori, Miyuki Nagano, Yu Yaoita, Hiroyuki Asakura, Ai Suzuki, Maya Isogai, Takushi Fujiwara, Mami Nagashima, Jun Suzuki, Kentaro Tohma, Kenji Sadamasu

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 12/2022

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

The genetic characterization of archival specimens is important for evaluating the evolutionary processes of noroviruses. Complete viral genome sequences, GVIII.1[GII.P28] and GIX.1[GII.P15], were determined from two archival specimens collected in Tokyo, Japan, in 1986 and 1995. In addition, complete VP1 and partial RdRp sequences of four samples collected between 1975 and 1983 were determined. Two viruses were classified as GI.5[P5] and GI.9[P9]; however, the viruses from the other two samples could not be assigned to any known genotypes using norovirus typing tools and phylogenetic analysis, suggesting that they might be untypable genotypes. Further evolutionary analysis of these viruses is warranted.
Literatur
2.
Zurück zum Zitat Preeti Chhabra P, Graaf M, Parra GI, Chan CWM, Green K, Martella V, Wang Q, White PA, Katayama K, Vennema H, Koopmans PGM, Vinjé J (2019) Updated classification of norovirus genogroups. J Gen Virol 100(10):1393–1406CrossRef Preeti Chhabra P, Graaf M, Parra GI, Chan CWM, Green K, Martella V, Wang Q, White PA, Katayama K, Vennema H, Koopmans PGM, Vinjé J (2019) Updated classification of norovirus genogroups. J Gen Virol 100(10):1393–1406CrossRef
6.
Zurück zum Zitat Mori K, Nagano M, Kimoto K, Somura Y, Akiba T, Hayashi Y, Sadamasu K, Kai A (2017) Detection of enteric viruses in fecal specimens from nonbacterial foodborne gastroenteritis outbreaks in Tokyo, Japan between 1966 and 1983. Jpn J Infect Dis 70:143–151CrossRef Mori K, Nagano M, Kimoto K, Somura Y, Akiba T, Hayashi Y, Sadamasu K, Kai A (2017) Detection of enteric viruses in fecal specimens from nonbacterial foodborne gastroenteritis outbreaks in Tokyo, Japan between 1966 and 1983. Jpn J Infect Dis 70:143–151CrossRef
7.
Zurück zum Zitat Mori K, Chu PY, Motomura K, Somura Y, Nagano M, Kimoto K, Akiba T, Kai A, Sadamasu K (2017) Genomic analysis of the evolutionary linage of norovirus GII.4 from archival specimens during 1975–1987 in Tokyo. J Med Virol 89:363–367CrossRef Mori K, Chu PY, Motomura K, Somura Y, Nagano M, Kimoto K, Akiba T, Kai A, Sadamasu K (2017) Genomic analysis of the evolutionary linage of norovirus GII.4 from archival specimens during 1975–1987 in Tokyo. J Med Virol 89:363–367CrossRef
8.
Zurück zum Zitat Tohma K, Lepore CJ, Martinez M, Degiuseppe JI, Khamrin P, Saito M, Mayta H, Nwaba AUA, Ford-Siltz LA, Green KY, Galeano ME, Zimic M, Stupka JA, Gilman RH, Maneekarn N, Ushijima H, Parra GI (2021) Genome-wide analyses of human noroviruses provide insights on evolutionary dynamics and evidence of coexisting viral populations evolving under recombination constraints. PLoS Pathog. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009744RIVMCrossRef Tohma K, Lepore CJ, Martinez M, Degiuseppe JI, Khamrin P, Saito M, Mayta H, Nwaba AUA, Ford-Siltz LA, Green KY, Galeano ME, Zimic M, Stupka JA, Gilman RH, Maneekarn N, Ushijima H, Parra GI (2021) Genome-wide analyses of human noroviruses provide insights on evolutionary dynamics and evidence of coexisting viral populations evolving under recombination constraints. PLoS Pathog. https://​doi.​org/​10.​1371/​journal.​ppat.​1009744RIVMCrossRef
9.
11.
Zurück zum Zitat Oka T, Takagi H, Tohya Y (2014) Development of a novel single step reverse genetics system for feline calicivirus. J Virol Methods 207:178–181CrossRef Oka T, Takagi H, Tohya Y (2014) Development of a novel single step reverse genetics system for feline calicivirus. J Virol Methods 207:178–181CrossRef
12.
Zurück zum Zitat Iritani N, Vennema H, Siebenga JJ, Siezen RJ, Renckens B, Seto Y, Kaida A, Koopmans M (2008) Genetic analysis of the capsid gene of genotype GII.2 noroviruses. J Virol 82:7336–7345CrossRef Iritani N, Vennema H, Siebenga JJ, Siezen RJ, Renckens B, Seto Y, Kaida A, Koopmans M (2008) Genetic analysis of the capsid gene of genotype GII.2 noroviruses. J Virol 82:7336–7345CrossRef
13.
Zurück zum Zitat Katayama K, Shirato-Horikoshi H, Kojima S, Kageyama T, Oka T, Hoshino F, Fukushi S, Shinohara M, Uchida K, Suzuki Y, Gojobori T, Takeda N (2002) Philogenetic analisis of complete genome of 18 Norwalk-like viruses. Virology 259:225–239CrossRef Katayama K, Shirato-Horikoshi H, Kojima S, Kageyama T, Oka T, Hoshino F, Fukushi S, Shinohara M, Uchida K, Suzuki Y, Gojobori T, Takeda N (2002) Philogenetic analisis of complete genome of 18 Norwalk-like viruses. Virology 259:225–239CrossRef
14.
Zurück zum Zitat Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (2018) MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol Biol Evol 35:1547–1549CrossRef Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (2018) MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol Biol Evol 35:1547–1549CrossRef
15.
Zurück zum Zitat Tatusov RL, Chhabra P, Diez-Valcarce M, Barclay L, Cannon JL, Vinjé J (2021) Human Calicivirus Typing tool: a web-based tool for genotyping human norovirus and sapovirus sequences. J Clin Virol 134:104718CrossRef Tatusov RL, Chhabra P, Diez-Valcarce M, Barclay L, Cannon JL, Vinjé J (2021) Human Calicivirus Typing tool: a web-based tool for genotyping human norovirus and sapovirus sequences. J Clin Virol 134:104718CrossRef
16.
17.
Zurück zum Zitat Tohma K, Lepore CJ, Degiuseppe JI, Stupka JA, Saito M, Mayta H, Zimic M, Ford-Siltz LA, Gilman RH, Parra GI (2020) Recombinant nontypeable genotype II human noroviruses in the Americas. Emerg Infect Dis 26(1):157–159CrossRef Tohma K, Lepore CJ, Degiuseppe JI, Stupka JA, Saito M, Mayta H, Zimic M, Ford-Siltz LA, Gilman RH, Parra GI (2020) Recombinant nontypeable genotype II human noroviruses in the Americas. Emerg Infect Dis 26(1):157–159CrossRef
Metadaten
Titel
Genetic characteristics of archival noroviruses detected from the 1970s to the 1990s
verfasst von
Kohji Mori
Miyuki Nagano
Yu Yaoita
Hiroyuki Asakura
Ai Suzuki
Maya Isogai
Takushi Fujiwara
Mami Nagashima
Jun Suzuki
Kentaro Tohma
Kenji Sadamasu
Publikationsdatum
10.09.2022
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 12/2022
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-022-05595-4

Weitere Artikel der Ausgabe 12/2022

Archives of Virology 12/2022 Zur Ausgabe

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag

Auf Antibiotika verzichten? Was bei unkomplizierter Zystitis hilft

15.05.2024 Harnwegsinfektionen Nachrichten

Welche Antibiotika darf man bei unkomplizierter Zystitis verwenden und wovon sollte man die Finger lassen? Welche pflanzlichen Präparate können helfen? Was taugt der zugelassene Impfstoff? Antworten vom Koordinator der frisch überarbeiteten S3-Leitlinie, Prof. Florian Wagenlehner.

Schadet Ärger den Gefäßen?

14.05.2024 Arteriosklerose Nachrichten

In einer Studie aus New York wirkte sich Ärger kurzfristig deutlich negativ auf die Endothelfunktion gesunder Probanden aus. Möglicherweise hat dies Einfluss auf die kardiovaskuläre Gesundheit.

Intervallfasten zur Regeneration des Herzmuskels?

14.05.2024 Herzinfarkt Nachrichten

Die Nahrungsaufnahme auf wenige Stunden am Tag zu beschränken, hat möglicherweise einen günstigen Einfluss auf die Prognose nach akutem ST-Hebungsinfarkt. Darauf deutet eine Studie an der Uniklinik in Halle an der Saale hin.

Klimaschutz beginnt bei der Wahl des Inhalators

14.05.2024 Klimawandel Podcast

Auch kleine Entscheidungen im Alltag einer Praxis können einen großen Beitrag zum Klimaschutz leisten. Die neue Leitlinie zur "klimabewussten Verordnung von Inhalativa" geht mit gutem Beispiel voran, denn der Wechsel vom klimaschädlichen Dosieraerosol zum Pulverinhalator spart viele Tonnen CO2. Leitlinienautor PD Dr. Guido Schmiemann erklärt, warum nicht nur die Umwelt, sondern auch Patientinnen und Patienten davon profitieren.

Zeitschrift für Allgemeinmedizin, DEGAM

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.