Background
Methods
M. tuberculosisclinical isolates
Ethics statement
Culture of clinical isolates and DNA extraction
Genotyping methods
Spoligotyping
VNTR
IS6110in the NTF region
Large sequence polymorphisms (LSPs)
Data analysis
Results
Spoligotyping
SIT na
| Spoligotype description binary | SpolDB4 IDb
| No.c
| Prevalence (%)d
|
---|---|---|---|---|
1 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | Beijing | 197 | 77.3% |
53 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | T1 | 18 | 6.92% |
190 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ | Beijing | 5 | 1.92% |
52 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ | T2 | 5 | 1.92% |
■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | New | 4 | 0.3% | |
154 | ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | T1 | 3 | 1.15% |
1364 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■ | Beijing | 2 | 0.77% |
269 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | Beijing-like | 2 | 0.77% |
917 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | T1 | 2 | 0.77% |
1688 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | T1 | 2 | 0.6% |
73 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ | T2-T3 | 2 | 0.77% |
632 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ | Beijing | 1 | 0.38% |
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■□□□ ■ ■ ■ | New(Beijing?) | 1 | 0.38% | |
255 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ | Beijing | 1 | 0.38% |
□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■□□□□□□□ | New(Beijing?) | 1 | 0.38% | |
1311 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ | U | 1 | 0.38% |
■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | New | 1 | 0.38% | |
■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ | New | 1 | 0.38% | |
1163 | ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | T3 | 1 | 0.38% |
■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | New | 1 | 0.38% 5 | |
■ ■ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ | New | 1 | 0.38% | |
■ ■ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | New | 1 | 0.38% | |
500 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | T1 | 1 | 0.38% |
■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | Nwe | 1 | 0.38% | |
■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ | U | 1 | 0.38% | |
1580 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | T1 | 1 | 0.38% |
■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■□ ■ ■ ■ | New | 1 | 0.38% | |
■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■□□□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | New | 1 | 0.38% | |
54 | ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■□□ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ | MANU2 | 1 | 0.38% |
Allelic diversity of the VNTR loci
Locus | Hunter-Gaston Index (total strains) N=260 | No. of alleles (range) | Hunter-Gaston Index Beijing Family N=211 | No. of alleles (Beijing family) (range) | Locus diversity of Beijing family strains in area of isolation | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Beijing (Previous) [24] N=72 [alleles] | Jiangsu [23] N=209 | Shanghai [22] (Chongming) N=65 | |||||
VNTR3820
| 0.851 | 19 (2–22) | 0.789 | 15 (6–22) | 0.85 | ||
Qub11b
| 0.747 | 10 (1–10) | 0.646 | 9 (1–10) | 0.651 [5(3–7)] | 0.625 | 0.65 |
Qub18
| 0.696 | 10 (1–11) | 0.613 | 10 (1–11) | 0.65 | ||
Qub11a
| 0.675 | 9 (2–11) | 0.598 | 8 (3–11) | 0.61 | ||
Qub26
| 0.654 | 12 (1–14) | 0.57 | 11 (1–11) | 0.518 [8(3–10)] | 0.613 | 0.60 |
Mtub21
| 0.58 | 7 (1–7) | 0.393 | 6 (1–7) | 0.556 [5(1–6)] | 0.535 | 0.52 |
MIRU26
| 0.568 | 9 (1–9) |
0.373
| 7 (3–9) | 0.353 [6(3–9)] | 0.560 |
0.61
|
Qub4156c
| 0.343 | 5 (1–5) | 0.297 | 4 (2–5) | 0.395 [5(1–5)] | 0.203 | 0.49 |
MIRU16
| 0.381 | 4 (1–4) |
0.265
| 3 (2–4) |
0.068 [3(2–4)]
| 0.262 | 0.24 |
Mtub04
| 0.435 | 6 (1–6) | 0.265 | 5 (2–6) | 0.306 [4(2–5)] | 0.426 | 0.30 |
ETRE
| 0.415 | 5 (2–6) |
0.229
| 5 (2–6) | 0.169 [3(4–6)] |
0.668
| 0.25 |
ETRA
| 0.418 | 3 (2–4) | 0.224 | 2 (3–4) | 0.232 [3(2–4)] | 0.201 | 0.03 |
MIRU10
| 0.434 | 5 (1–5) | 0.21 | 4 (1–4) | 0.144 [3(1–3)] | 0.262 | 0.20 |
Mtub39
| 0.332 | 6 (2–7) | 0.204 | 6 (2–7) | 0.171 [5(1–6)] | 0.213 | 0.06 |
MIRU23
| 0.194 | 5 (2–6) |
0.179
|
5 (2–6)
|
0.014 [2(5–6)]
| 0.250 | 0.06 |
MIRU40
| 0.356 | 5 (1–5) | 0.171 | 5 (1–5) | 0.194 [4(1–4)] | 0.276 | 0.15 |
ETRD
| 0.259 | 5 (1–5) | 0.152 | 4 (1–4) | 0.120 [4(0–3)] | 0.536 | 0.06 |
MIRU39
| 0.374 | 4 (1–4) | 0.127 | 4 (1–4) | 0.119 [3(2–4)] | 0.178 | 0.29 |
Mtub30
| 0.304 | 3 (2–4) | 0.065 | 3 (2–4) | 0.068 [4(2–5)] | 0.196 | 0.09 |
MIRU27
| 0.15 | 4 (1–4) | 0.056 | 4 (1–4) | 0.084 | 0.03 | |
ETRB
| 0.182 | 3 (1–3) | 0.038 | 2 (1–2) | 0.014 [2(1–2)] | 0.056 | 0 |
ETRC
| 0.03 | 3 (2–4) | 0.028 | 3 (2–4) | 0.094 [4(2–6)] | 0.066 |
NTF and LSP
Sublineage | Spoligotyping | LSP | IS6110 in NTF | ||
---|---|---|---|---|---|
RD105 | RD181 | ||||
G1 | G1-1 | Beijing family | Deletion | Intact | Ancient |
G1-2 | Beijing family | Deletion | Deletion | Ancient | |
G1-3 | Beijing family | Deletion | Deletion | Modern | |
G2 | Non-Beijing | Intact | --- | --- | |
G3 | Non-Beijing | Intact | --- | --- | |
G4 | Non-Beijing | Intact | --- | --- |