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Archives of Virology
Erschienen in: Archives of Virology 8/2019

23.05.2019 | Annotated Sequence Record

High-throughput sequencing of complete genomes of ipomoviruses associated with an epidemic of cassava brown streak disease in the Comoros Archipelago

verfasst von: Sarah Scussel, Thierry Candresse, Armelle Marais, Sohini Claverie, Murielle Hoareau, Hamza A. Azali, Eric Verdin, Mark Tepfer, Denis Filloux, Emmanuel Fernandez, Philippe Roumagnac, Isabelle Robène, Pierre Lefeuvre, Cyril Jourda, Michel Roux-Cuvelier, Jean-Michel Lett

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 8/2019

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Abstract

Using high-throughput sequencing of small interfering RNAs (siRNAs), virion-associated nucleic acid (VANA), and double stranded RNAs (dsRNAs), we have determined the complete genome sequences of Comorian isolates of two ipomoviruses, cassava brown streak virus (CBSV) and a divergent isolate of Ugandan cassava brown streak virus (UCBSV-KM) representing a new strain of this virus. While the large ORF of CBSV shares the highest nucleotide sequence identity (95.9%) with a Tanzanian isolate of CBSV, the large UCBSV-KM ORF shares the highest nucleotide sequence identity (77.5%) with a Malawian isolate of UCBSV. This low value is near the species demarcation threshold for the family Potyviridae (<76%). Phylogenetic analysis confirms that UCBSV-KM represents a new lineage that is genetically distinct from the currently described UCBSV strains.
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Metadaten
Titel
High-throughput sequencing of complete genomes of ipomoviruses associated with an epidemic of cassava brown streak disease in the Comoros Archipelago
verfasst von
Sarah Scussel
Thierry Candresse
Armelle Marais
Sohini Claverie
Murielle Hoareau
Hamza A. Azali
Eric Verdin
Mark Tepfer
Denis Filloux
Emmanuel Fernandez
Philippe Roumagnac
Isabelle Robène
Pierre Lefeuvre
Cyril Jourda
Michel Roux-Cuvelier
Jean-Michel Lett
Publikationsdatum
23.05.2019
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 8/2019
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-019-04228-7

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