Skip to main content
Erschienen in: Archives of Virology 2/2012

01.02.2012 | Annotated Sequence Record

The complete sequence of tobacco mosaic virus isolate Ohio V reveals a high accumulation of silent mutations in all open reading frames

verfasst von: Jakob Körbelin, Peter Willingmann, Günter Adam, Cornelia Heinze

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 2/2012

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

TMVOhioV was first described 1969 by [1] because it did break resistance of tomato breeding lines containing Tm-1- and Tm-2 resistance genes. It was obtained 1987 from Wetter (Saarbrücken, Germany) and transferred into the DSMZ-Plant Virus Collection (Braunschweig, Germany). A partial sequence of TMVOhioV, the CP gene, has been reported [11] and its comparison with a TMV type isolates (TMVtype), e.g. EMBL: V01409, revealed 50 point mutations in a total of 477 nucleotides (nts) leading to the replacement of only 7 amino acids (aa). In order to investigate the mutations in the non-translated regions and the number of silent mutation in the three other open reading frames (ORF), we sequenced the complete genome of isolate TMVOhioV and compared it to those of other Tobamoviruses.
Anhänge
Nur mit Berechtigung zugänglich
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Cirulli M, Alexander LJ (1969) Influence of temperature and strain of tobacco mosaic virus on resistance in a tomato breeding line derived from Lycopersicon peruvianum. Phytopathology 59:1287–1297 Cirulli M, Alexander LJ (1969) Influence of temperature and strain of tobacco mosaic virus on resistance in a tomato breeding line derived from Lycopersicon peruvianum. Phytopathology 59:1287–1297
2.
Zurück zum Zitat Coleman JR, Papamichail D, Skiena S, Futcher B, Wimmer E, Mueller S (2008) Virus attenuation by genome-scale changes in codon pair bias. Science 320:1784–1787PubMedCrossRef Coleman JR, Papamichail D, Skiena S, Futcher B, Wimmer E, Mueller S (2008) Virus attenuation by genome-scale changes in codon pair bias. Science 320:1784–1787PubMedCrossRef
3.
Zurück zum Zitat Darissa O, Willingmann P, Adam G (2010) Optimized approaches for the sequence determination of double-stranded RNA templates. J Virol Meth 169:397–403CrossRef Darissa O, Willingmann P, Adam G (2010) Optimized approaches for the sequence determination of double-stranded RNA templates. J Virol Meth 169:397–403CrossRef
5.
Zurück zum Zitat Gibbs AJ, Armstrong JS, Gibbs MJ (2004) A type of nucleotide motif that distinguishes tobamovirus species more efficiently than nucleotide signatures. Arch Virol 149:1941–1954PubMed Gibbs AJ, Armstrong JS, Gibbs MJ (2004) A type of nucleotide motif that distinguishes tobamovirus species more efficiently than nucleotide signatures. Arch Virol 149:1941–1954PubMed
6.
Zurück zum Zitat Heinze C, Wobbe V, Lesemann D-E, Zhang DY, Willingmann P, Adam G (2004) Pelargonium necrotic spot virus: a new member of the genus Tombusvirus. Arch Virol 149:1527–1539PubMedCrossRef Heinze C, Wobbe V, Lesemann D-E, Zhang DY, Willingmann P, Adam G (2004) Pelargonium necrotic spot virus: a new member of the genus Tombusvirus. Arch Virol 149:1527–1539PubMedCrossRef
7.
Zurück zum Zitat Heinze C, Lesemann DE, Ilmberger N, Willingmann P, Adam G (2006) The phylogenetic structure of the cluster of tobamovirus species serologically related to ribgrass mosaic virus (RMV) and the sequence of streptocarpus flower break virus (SFBV). Arch Virol 151:763–774PubMedCrossRef Heinze C, Lesemann DE, Ilmberger N, Willingmann P, Adam G (2006) The phylogenetic structure of the cluster of tobamovirus species serologically related to ribgrass mosaic virus (RMV) and the sequence of streptocarpus flower break virus (SFBV). Arch Virol 151:763–774PubMedCrossRef
8.
Zurück zum Zitat Koenig R, Bergstrom RGC, Gray SM, Loss S (2002) A New York isolate of Soil-borne wheat mosaic virus differs considerably from the Nebraska type strain in the nucleotide sequences of various coding regions but not in the deduced amino acid sequences. Arch Virol 147:617–625PubMedCrossRef Koenig R, Bergstrom RGC, Gray SM, Loss S (2002) A New York isolate of Soil-borne wheat mosaic virus differs considerably from the Nebraska type strain in the nucleotide sequences of various coding regions but not in the deduced amino acid sequences. Arch Virol 147:617–625PubMedCrossRef
9.
Zurück zum Zitat Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007) ClustalW and ClustalX version 2. Bioinformatics 23:2947–2948PubMedCrossRef Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007) ClustalW and ClustalX version 2. Bioinformatics 23:2947–2948PubMedCrossRef
10.
Zurück zum Zitat Lartey RT, Voss TC, Melcher U (1996) Tobamovirus evolution: gene overlaps, recombination, and taxonomic implications. Mol Biol Evol 13:1327–1338PubMed Lartey RT, Voss TC, Melcher U (1996) Tobamovirus evolution: gene overlaps, recombination, and taxonomic implications. Mol Biol Evol 13:1327–1338PubMed
11.
Zurück zum Zitat Letschert B, Adam G, Lesemann D-E, Willingmann P, Heinze C (2002) Detection and differentiation of serologically cross-reacting tobamoviruses of economical importance by RT-PCR and RT-PCR-RFLP. J Virol Met 106:1–10CrossRef Letschert B, Adam G, Lesemann D-E, Willingmann P, Heinze C (2002) Detection and differentiation of serologically cross-reacting tobamoviruses of economical importance by RT-PCR and RT-PCR-RFLP. J Virol Met 106:1–10CrossRef
12.
Zurück zum Zitat Lole KS, Bollinger RC, Paranjape RS, Gadkari D, Kulkarni SS, Novak NG, Ingersoll R, Sheppard HW, Ray SC (1999) Full-length human immunodeficiency virus type 1 genomes from subtype C-infected seroconverters in India, with evidence of intersubtype recombination. J Virol 73:152–160PubMed Lole KS, Bollinger RC, Paranjape RS, Gadkari D, Kulkarni SS, Novak NG, Ingersoll R, Sheppard HW, Ray SC (1999) Full-length human immunodeficiency virus type 1 genomes from subtype C-infected seroconverters in India, with evidence of intersubtype recombination. J Virol 73:152–160PubMed
13.
Zurück zum Zitat Schneider W, Roossinck MJ (2006) Genetic diversity in RNA virus quasispecies is controlled by host-virus interactions. J Virol 75:6566–6571CrossRef Schneider W, Roossinck MJ (2006) Genetic diversity in RNA virus quasispecies is controlled by host-virus interactions. J Virol 75:6566–6571CrossRef
14.
Zurück zum Zitat Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol 24:1596–1599PubMedCrossRef Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol 24:1596–1599PubMedCrossRef
Metadaten
Titel
The complete sequence of tobacco mosaic virus isolate Ohio V reveals a high accumulation of silent mutations in all open reading frames
verfasst von
Jakob Körbelin
Peter Willingmann
Günter Adam
Cornelia Heinze
Publikationsdatum
01.02.2012
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 2/2012
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-011-1171-0

Weitere Artikel der Ausgabe 2/2012

Archives of Virology 2/2012 Zur Ausgabe

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag

Bei Herzinsuffizienz muss „Eisenmangel“ neu definiert werden!

16.05.2024 Herzinsuffizienz Nachrichten

Bei chronischer Herzinsuffizienz macht es einem internationalen Expertenteam zufolge wenig Sinn, die Diagnose „Eisenmangel“ am Serumferritin festzumachen. Das Team schlägt vor, sich lieber an die Transferrinsättigung zu halten.

Herzinfarkt mit 85 – trotzdem noch intensive Lipidsenkung?

16.05.2024 Hypercholesterinämie Nachrichten

Profitieren nach einem akuten Myokardinfarkt auch Betroffene über 80 Jahre noch von einer intensiven Lipidsenkung zur Sekundärprävention? Um diese Frage zu beantworten, wurden jetzt Registerdaten aus Frankreich ausgewertet.

ADHS-Medikation erhöht das kardiovaskuläre Risiko

16.05.2024 Herzinsuffizienz Nachrichten

Erwachsene, die Medikamente gegen das Aufmerksamkeitsdefizit-Hyperaktivitätssyndrom einnehmen, laufen offenbar erhöhte Gefahr, an Herzschwäche zu erkranken oder einen Schlaganfall zu erleiden. Es scheint eine Dosis-Wirkungs-Beziehung zu bestehen.

Erstmanifestation eines Diabetes-Typ-1 bei Kindern: Ein Notfall!

16.05.2024 DDG-Jahrestagung 2024 Kongressbericht

Manifestiert sich ein Typ-1-Diabetes bei Kindern, ist das ein Notfall – ebenso wie eine diabetische Ketoazidose. Die Grundsäulen der Therapie bestehen aus Rehydratation, Insulin und Kaliumgabe. Insulin ist das Medikament der Wahl zur Behandlung der Ketoazidose.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.