Skip to main content
Erschienen in: Archives of Virology 12/2015

01.12.2015 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of a tentative new caulimovirus from the medicinal plant Atractylodes macrocephala

verfasst von: Seungmo Lim, Davaajargal Igori, Fumei Zhao, Ran Hee Yoo, Tae-Jin An, Hyoun-Sub Lim, Su-Heon Lee, Jae Sun Moon

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 12/2015

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

A total of nine contigs related to caulimovirus-like sequences were detected using high-throughput paired-end RNA sequencing. An attempt to find the plant sample infected with this type of virus identified the medicinal plant Atractylodes macrocephala Koidzumi showing mild mottle symptoms. Subsequently, the complete DNA genome sequence of the Atractylodes virus was determined. The 8,105-nt genome of the virus was composed of six open reading frames and displayed the highest nucleotide sequence identity (70 %) with soybean Putnam virus. Based upon the symptoms observed on the source plant, we propose to refer to this new member of the genus Caulimovirus as atractylodes mild mottle virus.
Anhänge
Nur mit Berechtigung zugänglich
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Dominguez DI, Ryabova LA, Pooggin MM, Schmidt-Puchta W, Fütterer J, Hohn T (1998) Ribosome shunting in cauliflower mosaic virus. Identification of an essential and sufficient structural element. J Biol Chem 273:3669–3678CrossRefPubMed Dominguez DI, Ryabova LA, Pooggin MM, Schmidt-Puchta W, Fütterer J, Hohn T (1998) Ribosome shunting in cauliflower mosaic virus. Identification of an essential and sufficient structural element. J Biol Chem 273:3669–3678CrossRefPubMed
2.
Zurück zum Zitat Eid S, Almeyda CV, Saar DE, Druffel KL, Pappu HR (2011) Genomic characterization of pararetroviral sequences in wild Dahlia spp. in natural habitats. Arch Virol 156:2079–2084CrossRefPubMed Eid S, Almeyda CV, Saar DE, Druffel KL, Pappu HR (2011) Genomic characterization of pararetroviral sequences in wild Dahlia spp. in natural habitats. Arch Virol 156:2079–2084CrossRefPubMed
3.
Zurück zum Zitat Finn RD, Bateman A, Clements J, Coggill P, Eberhardt RY, Eddy SR, Heger A, Hetherington K, Holm L, Mistry J, Sonnhammer EL, Tate J, Punta M (2014) Pfam: the protein families database. Nucleic Acids Res 42(Database issue):D222–D230PubMedCentralCrossRefPubMed Finn RD, Bateman A, Clements J, Coggill P, Eberhardt RY, Eddy SR, Heger A, Hetherington K, Holm L, Mistry J, Sonnhammer EL, Tate J, Punta M (2014) Pfam: the protein families database. Nucleic Acids Res 42(Database issue):D222–D230PubMedCentralCrossRefPubMed
4.
Zurück zum Zitat Guilley H, Dudley RK, Jonard G, Balàzs E, Richards KE (1982) Transcription of Cauliflower mosaic virus DNA: detection of promoter sequences, and characterization of transcripts. Cell 30:763–773CrossRefPubMed Guilley H, Dudley RK, Jonard G, Balàzs E, Richards KE (1982) Transcription of Cauliflower mosaic virus DNA: detection of promoter sequences, and characterization of transcripts. Cell 30:763–773CrossRefPubMed
6.
Zurück zum Zitat Hohn T, Rothnie H (2013) Plant pararetroviruses: replication and expression. Curr Opin Virol 3:621–628CrossRefPubMed Hohn T, Rothnie H (2013) Plant pararetroviruses: replication and expression. Curr Opin Virol 3:621–628CrossRefPubMed
7.
Zurück zum Zitat Nakai Y, Kido T, Hashimoto K, Kase Y, Sakakibara I, Higuchi M, Sasaki H (2003) Effect of the rhizomes of Atractylodes lancea and its constituents on the delay of gastric emptying. J Ethnopharmacol 84:51–55CrossRefPubMed Nakai Y, Kido T, Hashimoto K, Kase Y, Sakakibara I, Higuchi M, Sasaki H (2003) Effect of the rhizomes of Atractylodes lancea and its constituents on the delay of gastric emptying. J Ethnopharmacol 84:51–55CrossRefPubMed
8.
Zurück zum Zitat Pooggin MM, Fütterer J, Skryabin KG, Hohn T (1999) A short open reading frame terminating in front of a stable hairpin is the conserved feature in pregenomic RNA leaders of plant pararetroviruses. J Gen Virol 80:2217–2228CrossRefPubMed Pooggin MM, Fütterer J, Skryabin KG, Hohn T (1999) A short open reading frame terminating in front of a stable hairpin is the conserved feature in pregenomic RNA leaders of plant pararetroviruses. J Gen Virol 80:2217–2228CrossRefPubMed
9.
Metadaten
Titel
Complete genome sequence of a tentative new caulimovirus from the medicinal plant Atractylodes macrocephala
verfasst von
Seungmo Lim
Davaajargal Igori
Fumei Zhao
Ran Hee Yoo
Tae-Jin An
Hyoun-Sub Lim
Su-Heon Lee
Jae Sun Moon
Publikationsdatum
01.12.2015
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 12/2015
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-015-2576-y

Weitere Artikel der Ausgabe 12/2015

Archives of Virology 12/2015 Zur Ausgabe

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag

Reizdarmsyndrom: Diäten wirksamer als Medikamente

29.04.2024 Reizdarmsyndrom Nachrichten

Bei Reizdarmsyndrom scheinen Diäten, wie etwa die FODMAP-arme oder die kohlenhydratreduzierte Ernährung, effektiver als eine medikamentöse Therapie zu sein. Das hat eine Studie aus Schweden ergeben, die die drei Therapieoptionen im direkten Vergleich analysierte.

Notfall-TEP der Hüfte ist auch bei 90-Jährigen machbar

26.04.2024 Hüft-TEP Nachrichten

Ob bei einer Notfalloperation nach Schenkelhalsfraktur eine Hemiarthroplastik oder eine totale Endoprothese (TEP) eingebaut wird, sollte nicht allein vom Alter der Patientinnen und Patienten abhängen. Auch über 90-Jährige können von der TEP profitieren.

Niedriger diastolischer Blutdruck erhöht Risiko für schwere kardiovaskuläre Komplikationen

25.04.2024 Hypotonie Nachrichten

Wenn unter einer medikamentösen Hochdrucktherapie der diastolische Blutdruck in den Keller geht, steigt das Risiko für schwere kardiovaskuläre Ereignisse: Darauf deutet eine Sekundäranalyse der SPRINT-Studie hin.

Bei schweren Reaktionen auf Insektenstiche empfiehlt sich eine spezifische Immuntherapie

Insektenstiche sind bei Erwachsenen die häufigsten Auslöser einer Anaphylaxie. Einen wirksamen Schutz vor schweren anaphylaktischen Reaktionen bietet die allergenspezifische Immuntherapie. Jedoch kommt sie noch viel zu selten zum Einsatz.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.