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Archives of Virology

Erschienen in:

21.06.2016 | Brief Report

Detection and characterization of a novel genotype of porcine astrovirus 4 from nasal swabs from pigs with acute respiratory disease

verfasst von: Aiswaria Padmanabhan, Ben M. Hause

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 9/2016

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Abstract

Metagenomic sequencing of three nasal swabs collected from 10- to 21-day-old pigs exhibiting unexplained acute respiratory disease from two different commercial production facilities in Oklahoma identified a novel genotype of porcine astrovirus 4 (PAstV-4). The genomes had only ~75 % nucleotide sequence identity to previously characterized PAstV-4 isolates, while the capsid-encoding ORF2 had only ~53 % amino acid sequence identity to reference strains. A TaqMan assay targeting the novel ORF2 gene found 21 % and 19 % incidence in nasal and fecal swabs, respectively, submitted for unrelated diagnostic testing. PAstV-4 RNA levels were significantly higher (P = 0.04) in nasal swabs, suggesting a possible atypical respiratory tropism.

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Titel: Detection and characterization of a novel genotype of porcine astrovirus 4 from nasal swabs from pigs with acute respiratory disease
verfasst von: Aiswaria Padmanabhan
Ben M. Hause
Publikationsdatum: 21.06.2016
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 9/2016
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-016-2937-1

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