Background
Methods
Mycobacterial strains
Strains isolation and drug susceptibility test
Genomic DNA extraction
Genotyping
Data analysis
Ethical consideration
Results
Spoligotyping analysis
S.NO. | Family | N(%) | Binary |
---|---|---|---|
1 | Beijing | 206(79.2) | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ |
2 | Beijing-like | 3(1.2) | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□□□■■■ |
3 | T1 | 23(8.8) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ |
4 | T2 | 6 (2.3) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ |
5 | MANU2 | 2(0.8) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ |
6 | U | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ |
7 | T1-T2 | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□□■■ |
8 | H3 | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ |
9 | H4 | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■ |
10 | LAM10_CAM | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■□□□□■■■□■■■ |
11 | CAS1_DELHI | 1(0.4) | ■■■□□□□■■■■■□■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ |
12 | Undefined | 1(0.4) | ■□■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ |
13 | Undefined | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■□■■■ |
14 | Undefined | 1(0.4) | ■■■■□■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ |
15 | Undefined | 1(0.4) | □■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ |
16 | Undefined | 1(0.4) | ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■■■■ |
17 | Undefined | 1(0.4) | ■■■■□■■■■■□■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ |
18 | Undefined | 1(0.4) | ■■■■□■■■■■□■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ |
19 | Undefined | 1(0.4) | □□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ |
20 | Undefined | 1(0.4) | □□□■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■□□ |
21 | Undefined | 2(0.8) | ■■□□□■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ |
22 | Undefined | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□■■ |
23 | Undefined | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■□■□■■■■□□□□■■■■■■■ |
24 | Undefined | 1(0.4) | ■■■■■■■■■■■■■□□□□■□□□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ |
MIRU-VNTR
Alias | HGDI (All strains) | HGDI (Beijing family) | 12-loci VNTR | NO. of alleles observed | Size range observed |
---|---|---|---|---|---|
Qub11b | 0.717 | 0.629 | √ | 8 | 1-8 |
ETRE | 0.695 | 0.668 | √ | 5 | 2-6 |
MIRU26 | 0.683 | 0.560 | √ | 7 | 1-7 |
Mtub21 | 0.660 | 0.535 | √ | 8 | 1-9 |
Qub26 | 0.646 | 0.613 | √ | 9 | 1-9 |
ETRD | 0.592 | 0.536 | √ | 6 | 1-6 |
Mtub04 | 0.467 | 0.426 | √ | 4 | 2-5 |
MIRU40 | 0.454 | 0.276 | √ | 4 | 1-4 |
MIRU10 | 0.446 | 0.262 | √ | 5 | 1-5 |
MIRU39 | 0.390 | 0.178 | √ | 4 | 1-4 |
Mtub39 | 0.386 | 0.213 | √ | 7 | 2-8 |
Mtub30 | 0.365 | 0.196 | √ | 4 | 2-5 |
MIRU16 | 0.348 | 0.262 | 4 | 1-4 | |
ETRF | 0.343 | 0.243 | 4 | 1-4 | |
Mtub38 | 0.335 | 0.065 | 4 | 1-4 | |
ETRA | 0.313 | 0.201 | 4 | 2-5 | |
MIRU23 | 0.268 | 0.250 | 5 | 3-7 | |
MIRU27 | 0.243 | 0.084 | 4 | 1-4 | |
Qub4156c | 0.179 | 0.203 | 5 | 1-5 | |
ETRB | 0.096 | 0.056 | 3 | 1-3 | |
ETRC | 0.090 | 0.066 | 5 | 2-6 | |
MIRU20 | 0.023 | 0.010 | 2 | 1-2 | |
MIRU02 | 0.008 | 0.010 | 2 | 1-2 | |
MIRU24 | 0 | 0 | 1 | 1 |
Drug-susceptibility patterns of the MTB isolates
Factors | Cases n = 260 | Non-Beijing family n = 51, n(%) | Beijing family n = 209, n(%) | χ2
| P
|
---|---|---|---|---|---|
Sex
| |||||
Men | 180(69.2) | 37(72.5) | 143(68.4) | ||
Women | 80(30.8) | 14(27.5) | 66(31.6) | 0.328 | 0.567 |
Treatment history
| |||||
No | 216(83.1) | 41(80.4) | 175(83.7) | ||
Yes | 44(16.9) | 10(19.6) | 34(16.3) | 0.325 | 0.568 |
Pan-susceptible cases
| 186(71.5) | 39(76.5) | 147(70.3) | 0.758 | 0.384 |
Any drug-resistant cases
| 74(28.5) | 12(23.5) | 62(29.7) | 0.758 | 0.384 |
Mono-resistance
| |||||
INH | 11(4.2) | 4(7.8) | 7(3.3) | 0.234* | |
RIF | 4(1.5) | 1(2.0) | 3(1.4) | 0.585* | |
SM | 17(6.5) | 5(9.8) | 12(5.7) | 0.340* | |
EMB | 1(0.4) | 0 | 1(0.5) | 1* | |
Total | 33(12.7) | 10(19.6) | 23(11.0) | 2.738 | 0.098 |
MDR-TB
#
| |||||
INH+RIF | 6(2.3) | 0 | 6(2.9) | 0.601* | |
INH+RIF+SM | 9(3.5) | 0 | 9(4.3) | 0.212* | |
INH+RIF+EMB | 2(0.8) | 0 | 2(1.0) | 1* | |
INH+RIF+SM+EMB | 17(6.5) | 1(2.0) | 16(7.7) | 0.208* | |
MDR | 34(13.1) | 1(2.0) | 33(15.8) | 6.897 | 0.009
|
Factors | Cases | No-MDR | MDR | cOR(95% CI) |
P
| aOR(95% CI) |
P
|
---|---|---|---|---|---|---|---|
n = 260 | n = 226, n(%) | n = 34, n(%) | |||||
Gender
| |||||||
Men | 180 | 155(68.6) | 25(73.5) | 1 | 1 | ||
Women | 80 | 71(31.4) | 9(26.5) | 0.79(0.35-1.77) | 0.561 | 0.81(0.34-1.96) | 0.643 |
Age(years)
| |||||||
< 30 | 66 | 56(24.8) | 10(29.4) | 1 | 1 | ||
30- | 111 | 93(41.2) | 18(52.9) | 1.08(0.47-2.51) | 0.851 | 0.68(0.23-1.99) | 0.479 |
60- | 57 | 51(22.6) | 6(17.6) | 0.66(0.22-1.94) | 0.449 | 0.36(0.08-1.71) | 0.199 |
75+ | 26 | 26(11.5) | 0 | 0 | 0.998 | 0 | 0.998 |
Treatment history
#
| |||||||
No | 216 | 194(85.8) | 22(14.2) | 1 | 1 | ||
Yes | 44 | 22(64.7) | 12(35.3) | 3.31(1.49-7.34) | 0.002 | 3.39(1.37-8.41) | 0.008 |
BCG vaccination
| |||||||
No | 142 | 125(55.3) | 17(50.0) | 1 | 1 | ||
Yes | 118 | 101(44.7) | 17(50.0) | 1.24(0.60-2.55) | 0.562 | 0.81(0.26-2.48) | 0.711 |
Migrant population
| |||||||
No | 174 | 151(66.8) | 23(67.6) | 1 | 1 | ||
Yes | 86 | 75(33.2) | 11(32.4) | 0.96(0.45-2.08) | 0.923 | 0.94(0.40-2.23) | 0.894 |
Beijing family
| |||||||
No | 51 | 50(22.1) | 1(2.9) | 1 | 1 | ||
Yes | 209 | 176(77.9) | 33(97.1) | 9.38(1.25-70.26) |
0.009
| 11.07(1.45-84.50) |
0.023
|
Discussion
Area | Strains tested | Beijing family strains | Proportion (%) | Location |
---|---|---|---|---|
Beijing [23] | 121 | 103 | 85.12 | north |
108 | 100 | 92.59 | north | |
Gansu [24] | 224 | 196 | 87.50 | north |
Heilongjiang [10] | 200 | 179 | 89.50 | north |
Henan [24] | 95 | 76 | 80.00 | north |
Jilin [24] | 326 | 293 | 89.88 | north |
Ningxia [25] | 72 | 49 | 67.12 | north |
Shandong [9] | 135 | 116 | 85.93 | north |
Shanxi [24] | 115 | 92 | 80.00 | north |
Tianjin [26] | 112 | 102 | 91.07 | north |
Tibet [24] | 208 | 188 | 90.38 | north |
Xinjiang [24] | 205 | 139 | 67.80 | north |
Anhui [24] | 157 | 134 | 85.35 | south |
Fujian [24] | 433 | 236 | 54.50 | south |
Hong Kong [27] | 355 | 243 | 68.45 | south |
Hong Kong [28] | 500 | 350 | 70.00 | south |
Hunan [24] | 100 | 66 | 66.00 | south |
Jiangsu and Zhejiang [29] | 351 | 243 | 69.23 | south |
Zhejiang [24] | 91 | 59 | 64.84 | south |
Shanghai [30] | 175 | 135 | 77.14 | south |
Guangxi [24] | 208 | 115 | 55.29 | south |
Taipei [13] | 356 | 187 | 52.53 | south |
Sichuan [24] | 76 | 44 | 57.89 | south |
Sichuan [31] | 143 | 91 | 63.64 | south |
Jiangsu | 260 | 209 | 80.38 | south |
Typing method, strain groups | Genotypes in total | Unique genotypes | clusters | Strains in cluster | HGDI value |
---|---|---|---|---|---|
Spoligotyping | |||||
All strains | 34 | 27 | 7 | 2-199 | 0.409 |
Beijing family only | 7 | 4 | 3 | 3-196 | 0.093 |
Non-Beijing strains | 27 | 23 | 4 | 2-19 | 0.856 |
MIRU-VNTR analysis, All strains
| |||||
24-VNTR analysis | 224 | 204 | 20 | 2-8 | 0.998 |
12-VNTR analysis | 204 | 177 | 27 | 2-9 | 0.996 |
Spoligo+24-VNTR
| |||||
All strains | 227 | 208 | 19 | 2-8 | 0.998 |
Beijing family only | 178 | 160 | 18 | 2-8 | 0.997 |