Introduction
Results
Analysis of sequences and phylogenetics
Virus
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Subtype
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Passage history
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Sample material
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GenBank accession no.
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A/swine/Denmark/12231-1/2005(H1N2) | H1N2 | none | Lung | KC900232 |
A/swine/Denmark/10074/2004(H1N2) | H1N2 | 3MDCK | Lung | KC900233, KC900234 |
A/swine/Denmark/10044/2004(H1N2) | H1N2 | 2MDCK | Lung | KC900235, KC900236 |
A/swine/Denmark/10501//2004(H1N2) | H1N2 | 4MDCK | Lung | KC900237, KC900238 |
A/swine/Denmark/13411/2004(H1N2) | H1N2 | 2SK | Lung | KC900249, KC900250 |
A/swine/Denmark/13380/2004(H1N2) | H1N2 | 1SK | Lung | KC900251, KC900252 |
A/swine/Denmark/13608/2004(H1N2) | H1N2 | 1SK | Lung | KC900253 to KC900260 |
A/swine/Denmark/12687/2003(H1N2) | H1N2 | 4SK | Lung | KC900261 to KC900268 |
A/swine/Denmark/13991/2003(H3N2) | H3N2 | 3SK | Lung | KC900239 |
A/swine/Denmark/10210/2005(H3N2) | H3N2 | 1SK | Lung | KC900240 |
A/swine/Denmark/14348-9/2003(H3N2) | H3N2 | 1SK | NS | KC900241 to KC900248 |
A/swine/Denmark/14738-1/2003(H1N1) | H1N1 | 4MDCK | Lung | KC900269 |
A/swine/Denmark/13184-1/2004(H1N1) | H1N1 | 1SK | Lung | KC900270 |
A/swine/Denmark/12813-1/2004(H1N1) | H1N1 | 1SK | Lung | KC900271 |
A/swine/Denmark/14348-3/2003(H1N1) | H1N1 | 1SK | Lung | KC900272 to KC900279 |
A/swine/Denmark/12245/2004(H1N1) | H1N1 | 1SK | Lung | KC900280 |
A/swine/Denmark/10404-1/2005(H1N1) | H1N1 | 1SK | Lung | KC900281 |
A/swine/Denmark/13772-1/2003(H1N1) | H1N1 | 2SK | Lung | KC900282 |
A/swine/Denmark/13850/2003(H1N1) | H1N1 | 2SK | Lung | KC900283 |
A/swine/Denmark/13160-1/2004(H1N1) | H1N1 | 2SK | Lung | KC900284 |
A/swine/Denmark/10376-1/2005(H1N1) | H1N1 | 2SK | Lung | KC900285 |
A/swine/Denmark/10282/2004(H1N1) | H1N1 | 2MDCK | Lung | KC900286 |
A/swine/Denmark/10361/2004(H1N1) | H1N1 | 4MDCK | Lung | KC900287 |
A/swine/Denmark/14743-1/2003(H1N1) | H1N1 | 3SK | Lung | KC900288 |
A/swine/Denmark/19126/1993(H1N1) | H1N1 | 3SK | Lung | KC900289 |
Virus | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
A/swine/Denmark/13608/2004(H1N2) | 1 | 98 | 98 | 95 | 95 | 95 | 96 | 97 | 74 | 96 | 74 | 74 | 74 | 93 | 94 | 95 | 94 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/13411/2004(H1N2) | 2 | 98 | 100 | 95 | 95 | 95 | 97 | 98 | 73 | 96 | 74 | 73 | 74 | 93 | 94 | 94 | 94 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/13380/2004(H1N2) | 3 | 98 | 100 | 95 | 95 | 95 | 97 | 98 | 73 | 96 | 74 | 73 | 74 | 93 | 94 | 95 | 94 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/12687/2003(H1N2) | 4 | 92 | 92 | 92 | 96 | 96 | 93 | 94 | 73 | 93 | 74 | 73 | 74 | 94 | 94 | 95 | 95 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/10044/2004(H1N2) | 5 | 98 | 99 | 99 | 92 | 100 | 93 | 93 | 74 | 93 | 74 | 73 | 74 | 94 | 95 | 95 | 95 | 74 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/10074/2004(H1N2) | 6 | 98 | 99 | 99 | 92 | 100 | 93 | 93 | 74 | 93 | 74 | 73 | 74 | 94 | 95 | 95 | 95 | 74 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Sweden/9706/2010(H1N2)_HM626482 | 7 | 96 | 98 | 98 | 90 | 96 | 96 | 98 | 73 | 94 | 73 | 72 | 74 | 91 | 92 | 93 | 92 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Sweden/1021/2009(H1N2)_GQ495132 | 8 | 97 | 98 | 98 | 90 | 97 | 97 | 98 | 73 | 95 | 74 | 73 | 74 | 92 | 93 | 93 | 93 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Italy/116114/2010(H1N2)_CY067662 | 9 | 95 | 96 | 96 | 90 | 97 | 97 | 94 | 94 | 73 | 77 | 76 | 95 | 74 | 73 | 73 | 74 | 99 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Italy/58769/2010(H1N2)_HM771276 | 10 | 96 | 97 | 97 | 91 | 97 | 97 | 95 | 96 | 94 | 74 | 74 | 74 | 91 | 92 | 93 | 93 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Scotland/410440/1994(H1N2)_AF085413 | 11 | 88 | 89 | 89 | 88 | 88 | 88 | 88 | 88 | 87 | 87 | 92 | 78 | 74 | 73 | 74 | 73 | 77 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Doetlingen/IDT4735/2005(H1N2)_EU053133 | 12 | 90 | 90 | 90 | 90 | 90 | 90 | 89 | 89 | 88 | 89 | 87 | 77 | 73 | 73 | 73 | 73 | 76 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Indiana/9 K035/1999(H1N2)_AF250124 | 13 | 86 | 87 | 87 | 86 | 87 | 87 | 86 | 86 | 85 | 86 | 89 | 86 | 75 | 74 | 74 | 74 | 95 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/19126/1993(H1N1) | 14 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 93 | 94 | 93 | 74 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/12245/2004(H1N1) | 15 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 94 | 95 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/14743-1/2003(H1N1) | 16 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 95 | 73 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/12813-1/2004(H1N1) | 17 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 74 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Alberta/OTH-33-8/2009(H1N1pdm)_GQ150328 | 18 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/13991/2003(H3N2) | 19 | 98 | 98 | 98 | 92 | 99 | 99 | 96 | 97 | 96 | 96 | 89 | 90 | 87 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/10210/2005(H3N2) | 20 | 98 | 98 | 98 | 91 | 99 | 99 | 96 | 97 | 96 | 96 | 88 | 90 | 86 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 99 | n.a. | n.a. | n.a. | |
A/swine/Denmark/14348 ns9/2003(H3N2) | 21 | 98 | 99 | 99 | 92 | 99 | 99 | 96 | 97 | 96 | 97 | 89 | 90 | 87 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 99 | 99 | n.a. | n.a. | |
A/swine/Spain/39139/2002(H3N2)_CY009382 | 22 | 90 | 91 | 91 | 91 | 90 | 90 | 89 | 89 | 88 | 89 | 87 | 94 | 85 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 90 | 90 | 90 | n.a. | |
A/swine/Hong Kong/5212/1999(H3N2)_AY363557 | 23 | 93 | 94 | 94 | 95 | 93 | 93 | 92 | 92 | 91 | 92 | 89 | 92 | 87 | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | 93 | 93 | 94 | 92 |
Gene segment
|
H1N2-13608 vs.
|
H1N2-12687 vs.
|
H1N2- 13608 vs.
|
Region compared
| ||
---|---|---|---|---|---|---|
H1N1 | H3N2 | H1N1 | H3N2 | H1N2-12687 | ||
PB2 | 93 | 93 | 94 | 94 | 95 | 709-2119 |
PB1 | 93 |
99
|
96
| 93 | 93 | 1-2267 |
PA | 94 |
99
|
96
| 95 | 94 | 1-2151 |
HA |
94
| 51 |
95
| 50 | 95 | 1-1701 |
NP | 93 |
99
|
96
| 93 | 94 | 1-1497 |
NA | 49 |
98
| 49 |
92
| 92 | 22-1380 |
M | 96 |
99
|
98
| 96 | 96 | 1-971 |
NS | 96 |
99
| 96 | 96 | 96 | 1-838 |
Clinical signs and gross pathology
Acute phase protein measurements
Antibody detection
Measurement of nasal virus excretion and virus load in the lung by real time RT-PCR
PID
|
Group1
|
Group2
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | |
-3 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
1 | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
2 | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
3 | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
4 | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
5 | n.a. | n.a. | + | + | + | + | n.a. | n.a. | + | + | + | + |
6 | n.a. | n.a. | + | + | + | + | n.a. | n.a. | + | + | + | + |
7 | n.a. | n.a. | + | + | (+)´ | - | n.a. | n.a. | + | (+)´ | + | (+)´ |
8 | n.a. | n.a. | - | - | - | - | n.a. | n.a. | - | (+)´ | - | - |
9,11,14,18,22 | n.a. | n.a. | - | - | - | - | n.a. | n.a. | - | - | - | - |
28 | n.a. | n.a. | - | - | - | - | n.a. | n.a. | - | - | - | - |
29 | n.a. | n.a. | - | - | - | - | n.a. | n.a. | - | - | - | + |
30,31,32,33,34 | n.a. | n.a. | - | - | - | - | n.a. | n.a. | - | - | - | - |
35 | n.a. | n.a. | - | - | - | - | n.a. | n.a. | - | - | + | + |
36,37,39,42,46,50,56 | n.a. | n.a. | - | - | - | - | n.a. | n.a. | - | - | - | - |
Lung sections
|
Group 1
|
Group 2
| ||
---|---|---|---|---|
Pig 1 | Pig 2 | Pig 7 | Pig 8 | |
Lu1 | 6.0 × 107 | 9.5 × 106 | 1.5 × 105 | 2.3 × 107 |
Lu2 | 7.1 × 106 | 1.4 × 109 | 3.1 × 107 | 1.8 × 108 |
Lu3 | 1.1 × 107 | 5.2 × 108 | 7.5 × 106 | 3.7 × 107 |
Lu4 | 2.0 × 105 | 7.1 × 107 | 3.2 × 104 | 4.5 × 104 |
Lu5 | 3.5 × 108 | 1.8 × 108 | 7.6 × 107 | 1.4 × 105 |
Lu6 | 3.8 × 106 | 1.5 × 107 | 6.2 × 106 | 2.1 × 105 |
Lu7 | 7.8 × 106 | 2.1 × 108 | 3.7 × 107 | 3.2 × 107 |
Lu8 | 9.8 × 107 | 4.8 × 107 | 7.1 × 106 | 2.9 × 107 |
Lu9 | 1.6 × 108 | 3.7 × 106 | 2.9 × 106 | 8.5 × 104 |