Quantifizierung von Genexpressionen beim Prostatakarzinom

Auszug

Genexpressionsstudien bilden in der Onkologie die Grundlage für die Entwicklung neuer Biomarker und die Erfassung potenzieller Zielstrukturen von Medikamenten. Diese Studien basieren auf quantitativen Daten spezifischer mRNA, die mit Hilfe der Real-time-RT-PCR (reverse Transkription-Polymerasekettenreaktion) bestimmt werden. Für die Auswertung der Expressionsdaten ist die relative Quantifizierung die am häufigsten benutzte Methode. Hierbei wird die Höhe der Expression eines Zielgens auf ein endogenes, ein sog. „Housekeeping-Gen“ oder Referenzgen bzw. auf einen sich aus mehreren Referenzgenen zusammengesetzten Normierungsfaktor bezogen [5]. Vorteile einer relativen im Vergleich zur absoluten Quantifizierung sind, dass Effekte, die bei der Probenmaterialgewinnung, RNA-Isolierung oder reversen Transkription auftreten können, über die Bestimmung des Ziel- und Referenzgens aus der gleichen cDNA-Probe weitgehend ausgeglichen werden können. Um Fehler bei der Interpretation von Expressionsdaten zu vermeiden, müssen Referenzgene jedoch folgende Anforderungen erfüllen: ubiquitäres Vorkommen, konstante nicht-regulierte Expression im Untersuchungsmaterial (z. B. Gewebe, Zellen), ein Expressionsniveau ähnlich dem des Zielgens und Pseudogenfreiheit. …