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01.09.2009 | Annotated Sequence Record | Ausgabe 9/2009

Archives of Virology 9/2009

Sequence diversity of the haemagglutinin open reading frame of recent highly pathogenic avian influenza H5N1 isolates from Egypt

Zeitschrift:
Archives of Virology > Ausgabe 9/2009
Autoren:
Ahmed S. Abdel-Moneim, Salama A. S. Shany, Sasan R. Fereidouni, Bahaa T. M. Eid, Magdy F. El-Kady, Elke Starick, Timm Harder, Günther M. Keil
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.​1007/​s00705-009-0461-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Abstract

The sequences encoding the haemagglutinin (HA) of twelve H5N1 isolates obtained in 2006 and 2007 from different avian species in backyard holdings and poultry farms in Egypt revealed amino acid variations across the polypeptide and also in the polybasic cleavage motif of three of the isolates from backyard poultry with one, so far, unique mutation in an isolate from a chicken. The HAs of two isolates (A/goose/Egypt/R4/2007, A/chicken/Egypt/R3/2007) collected on the same day in the same village from two neighbouring houses were found to differ from each other. Five out of the seven nucleotide exchanges in these two isolates were translationally silent, and two resulted in amino acid substitutions: one in the polybasic cleavage motif and the other in the signal peptide. Circulation of different H5N1 strains possessing considerable variations in backyard poultry, particularly domestic waterfowl, draws attention to the evolution of H5N1 subtypes in Egypt.

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Deduced amino acid sequences of the HA protein of Egyptian HPAIV H5N1 isolates in comparison to A/turkey/Egypt/F1/2006 as a reference strain. The amino acid sequence includes the signal peptide. Dots denote identical amino acids, which are given in one-letter code. Shaded letters mark S and T as potential O-glycosylation sites. Consensus sequences for N-glycosylation (NXS or NXT, except where X = P) are underlined; bold letters indicate loss of a potential glycosylation site. Boxed segments indicate the signal peptide and the polybasic proteolytic cleavage motif, respectively
705_2009_461_MOESM1_ESM.doc
Nucleotide sequences of the HA open reading frame of Egyptian HPAIV H5N1 isolates in comparison to A/turkey/Egypt/F1/2006 as a reference strain. Dots indicate identical nucleotides. Boxed letters denote nucleotide variations leading to amino acid exchanges
705_2009_461_MOESM2_ESM.doc
Literatur
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