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Erschienen in: Archives of Virology 6/2018

02.03.2018 | Annotated Sequence Record

Discovery of a novel geminivirus associated with camellia chlorotic dwarf disease

verfasst von: Song Zhang, Pan Shen, Min Li, Xin Tian, Changyong Zhou, Mengji Cao

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 6/2018

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Abstract

Next-generation sequencing of small RNAs and PCR amplification with two pairs of back-to-back primers, followed by cloning and sequencing, allowed identification of a novel geminivirus isolate provisionally named camellia chlorotic dwarf-associated virus (CaCDaV). The complete genome sequence of CaCDaV comprises 3,687 nucleotides (nts) and six open reading frames (ORFs). The genome and putative proteins of CaCDaV were most closely related to those of two unclassified geminiviruses: citrus chlorotic dwarf-associated virus (CCDaV, 3,640 nt) and mulberry mosaic dwarf-associated virus (MMDaV, 2,952 nt). Phylogenetic analysis revealed a distinct clade for CaCDaV, CCDaV and MMDaV, supporting their inclusion in a new genus within the family Geminiviridae. Because CaCDaV and CCDaV shared a high genome nucleotide sequence identity (54.8%), we propose that the CaCDaV should be included as a member in this new genus.
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Literatur
1.
Zurück zum Zitat Varsani A, Roumagnac P, Fuchs M, Navas-Castillo J, Moriones E, Idris A, Briddon RW, Rivera-Bustamante R, Murilo Zerbini F, Martin DP (2017) Capulavirus and Grablovirus: two new genera in the family Geminiviridae. Arch Virol 162:1819–1831CrossRefPubMed Varsani A, Roumagnac P, Fuchs M, Navas-Castillo J, Moriones E, Idris A, Briddon RW, Rivera-Bustamante R, Murilo Zerbini F, Martin DP (2017) Capulavirus and Grablovirus: two new genera in the family Geminiviridae. Arch Virol 162:1819–1831CrossRefPubMed
2.
Zurück zum Zitat Varma A, Malathi VG (2015) Emerging geminivirus problems: a serious threat to crop production. Ann Appl Biol 142:145–164CrossRef Varma A, Malathi VG (2015) Emerging geminivirus problems: a serious threat to crop production. Ann Appl Biol 142:145–164CrossRef
3.
Zurück zum Zitat Jeske H (2009) Geminiviruses. Curr Top Microbiol Immunol 331:185–226PubMed Jeske H (2009) Geminiviruses. Curr Top Microbiol Immunol 331:185–226PubMed
4.
Zurück zum Zitat Zerbini FM, Briddon RW, Idris A, Martin DP, Moriones E, Navas-Castillo J, Rivera-Bustamante R, Roumagnac P, Varsani A, Consortium IR (2017) ICTV virus taxonomy profile: Geminiviridae. J Gen Virol 98:131–133CrossRefPubMedPubMedCentral Zerbini FM, Briddon RW, Idris A, Martin DP, Moriones E, Navas-Castillo J, Rivera-Bustamante R, Roumagnac P, Varsani A, Consortium IR (2017) ICTV virus taxonomy profile: Geminiviridae. J Gen Virol 98:131–133CrossRefPubMedPubMedCentral
5.
Zurück zum Zitat Wu Q, Ding SW, Zhang Y, Zhu S (2015) Identification of viruses and viroids by next-generation sequencing and homology-dependent and homology-independent algorithms. Annu Rev Phytopathol 53:425CrossRefPubMed Wu Q, Ding SW, Zhang Y, Zhu S (2015) Identification of viruses and viroids by next-generation sequencing and homology-dependent and homology-independent algorithms. Annu Rev Phytopathol 53:425CrossRefPubMed
6.
Zurück zum Zitat Loconsole G, Saldarelli P, Doddapaneni H, Savino V, Martelli GP, Saponari M (2012) Identification of a single-stranded DNA virus associated with citrus chlorotic dwarf disease, a new member in the family Geminiviridae. Virology 432:162–172CrossRefPubMed Loconsole G, Saldarelli P, Doddapaneni H, Savino V, Martelli GP, Saponari M (2012) Identification of a single-stranded DNA virus associated with citrus chlorotic dwarf disease, a new member in the family Geminiviridae. Virology 432:162–172CrossRefPubMed
7.
Zurück zum Zitat Al RM, Dave A, Anderson MM, Rowhani A, Uyemoto JK, Sudarshana MR (2013) Association of a DNA virus with grapevines affected by red blotch disease in California. Phytopathology 103:1069CrossRef Al RM, Dave A, Anderson MM, Rowhani A, Uyemoto JK, Sudarshana MR (2013) Association of a DNA virus with grapevines affected by red blotch disease in California. Phytopathology 103:1069CrossRef
8.
Zurück zum Zitat Ma Y, Navarro B, Zhang Z, Lu M, Zhou X, Chi S, Di Serio F, Li S (2015) Identification and molecular characterization of a novel monopartite geminivirus associated with mulberry mosaic dwarf disease. J Gen Virol 96:2421–2434CrossRefPubMed Ma Y, Navarro B, Zhang Z, Lu M, Zhou X, Chi S, Di Serio F, Li S (2015) Identification and molecular characterization of a novel monopartite geminivirus associated with mulberry mosaic dwarf disease. J Gen Virol 96:2421–2434CrossRefPubMed
9.
Zurück zum Zitat Liang P, Navarro B, Zhang Z, Wang H, Lu M, Xiao H, Wu Q, Zhou X, Di Serio F, Li S (2015) Identification and characterization of a novel geminivirus with a monopartite genome infecting apple trees. J Gen Virol 96:2411–2420CrossRefPubMed Liang P, Navarro B, Zhang Z, Wang H, Lu M, Xiao H, Wu Q, Zhou X, Di Serio F, Li S (2015) Identification and characterization of a novel geminivirus with a monopartite genome infecting apple trees. J Gen Virol 96:2411–2420CrossRefPubMed
10.
Zurück zum Zitat Lim TK (2014) Camellia japonica. Edible medicinal and non medicinal plants. Springer, Dordrecht, pp 764–776CrossRef Lim TK (2014) Camellia japonica. Edible medicinal and non medicinal plants. Springer, Dordrecht, pp 764–776CrossRef
11.
Zurück zum Zitat José MCS, Couselo JL, Martínez MT, Mansilla P, Corredoira E (2016) Somatic embryogenesis in Camellia japonica L.: challenges and future prospects. In: Mujib A (ed) Somatic embryogenesis in ornamentals and its applications. Springer, New Delhi, pp 99–105 José MCS, Couselo JL, Martínez MT, Mansilla P, Corredoira E (2016) Somatic embryogenesis in Camellia japonica L.: challenges and future prospects. In: Mujib A (ed) Somatic embryogenesis in ornamentals and its applications. Springer, New Delhi, pp 99–105
12.
Zurück zum Zitat Hiruki C (1985) A preliminary study on infectious variegation of Camellia. Acta Hortic 164:55–62CrossRef Hiruki C (1985) A preliminary study on infectious variegation of Camellia. Acta Hortic 164:55–62CrossRef
13.
Zurück zum Zitat Inouye T, Inouye N (1975) Rod-shaped particles found in Camellia leaves with necrotic ring spots. Ann Phytopathol Soc Jpn 40:133 Inouye T, Inouye N (1975) Rod-shaped particles found in Camellia leaves with necrotic ring spots. Ann Phytopathol Soc Jpn 40:133
14.
Zurück zum Zitat Gailhofer M, Thaler I, Milicic D (1988) Occurrence of Camellia leaf yellow mottle virus (CLYMV) on East Adriatic coast. Acta Hortic 234:385–391CrossRef Gailhofer M, Thaler I, Milicic D (1988) Occurrence of Camellia leaf yellow mottle virus (CLYMV) on East Adriatic coast. Acta Hortic 234:385–391CrossRef
15.
Zurück zum Zitat Li R, Mock R, Huang Q, Abad J, Hartung J, Kinard G (2008) A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens. J Virol Methods 154:48–55CrossRefPubMed Li R, Mock R, Huang Q, Abad J, Hartung J, Kinard G (2008) A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens. J Virol Methods 154:48–55CrossRefPubMed
16.
Zurück zum Zitat Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:1870CrossRefPubMed Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:1870CrossRefPubMed
17.
Zurück zum Zitat Birnstiel ML, Busslinger M, Strub K (1985) Transcription termination and 3′ processing: the end is in site! Cell 41:349CrossRefPubMed Birnstiel ML, Busslinger M, Strub K (1985) Transcription termination and 3′ processing: the end is in site! Cell 41:349CrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Discovery of a novel geminivirus associated with camellia chlorotic dwarf disease
verfasst von
Song Zhang
Pan Shen
Min Li
Xin Tian
Changyong Zhou
Mengji Cao
Publikationsdatum
02.03.2018
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 6/2018
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-018-3780-3

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