Der als menschlicher Haupthistokompatibilitätskomplex („major histocompatibility complex“, MHC) bezeichnete, auf Chromosom 6 lokalisierte Chromosomenabschnitt ist als HLA-Locus bekannt. Innerhalb dieses Komplexes gibt es mindestens 4 Blöcke von Genen, die mehrere Klassen von Transmembranproteinen kodieren. Die MHC-Klasse-I-Gene kodieren die HLA-Klasse-I-Moleküle (
-Antigene), die auf allen kernhaltigen Körperzellen vorkommen. Ihre Struktur wird beim Menschen von 3 Genorten bestimmt, die als HLA-A, HLA-B und HLA-C benannt werden. Die HLA-Klasse-I-Moleküle stellen die klassischen HLA-Gewebetypen dar, da sie zuerst bei Gewebetransplantationsversuchen entdeckt wurden. Die MHC-Klasse-II-Gene kodieren die HLA-Klasse-II-Moleküle, die auf wenige Zelltypen, wie B-Zellen,
Makrophagen und
dendritische Zellen, beschränkt sind. Die Synthese dieser Moleküle wird von der Genregion D (HLA-DP, HLA-DQ und
HLA-DR) gesteuert. Die MHC-Klasse-III-Gene kodieren u. a. einige Komplementkomponenten und
Isoenzyme und die MHC-Klasse-IV-Gene Moleküle, die in ihrer Struktur den Klasse-I-Molekülen ähneln. Die MHC-Gene sind durch einen ungewöhnlich hohen
Polymorphismus gekennzeichnet, sodass es viele Allele in den Individuen einer Spezies gibt. Von der großen Zahl an MHC-Allelprodukten besitzt jedes seine eigene, individuelle Proteinspezifität. Somit ist die Wahrscheinlichkeit sehr klein, dass 2 nicht verwandte Individuen identische HLA-Klasse-I- und -II-Moleküle besitzen. Es kommt aber zur Transplantatabstoßung, wenn die Genotypen nicht eng übereinstimmen.