Angeborene Stoffwechselstörungen fallen meist bereits frühkindlich klinisch auf durch eine Akkumulation toxischer Stoffwechselprodukte oder Reduktion essenzieller Stoffwechselkomponenten aufgrund eines Enzymdefekts. Man schätzt, dass zu dieser Gruppe ca. 15 % aller Einzelgendefekte gehören. Die klinische Diagnose wird meist durch biochemische Analysen und/oder molekulargenetische Untersuchungen der Kandidatengene bestätigt. Der Nachweis der molekularen Basisdefekte hilft bei der Familienplanung und einer gegebenenfalls gezielten Pränataldiagnostik. Einige der Erkrankungen sind mittlerweile auch Bestandteile des Neugeborenenscreenings (Neugeborenenscreening auf Stoffwechselerkrankungen und Endokrinopathien), insbesondere auch aufgrund der technischen Weiterentwicklung, wie z. B. GC-MS (Gaschromatographie-Massenspektrometrie).
Die Gruppe der angeborenen Stoffwechselstörungen ist nach den betroffenen metabolischen Stoffgruppen unterteilt, wie z. B.