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Archives of Virology

Erschienen in:

01.06.2013 | Annotated Sequence Record

Genetic variation of nucleocapsid genes of porcine epidemic diarrhea virus field strains in China

verfasst von: Jianfei Chen, Xiaozhen Liu, Hongwu Lang, Zhongtian Wang, Da Shi, Hongyan Shi, Xin Zhang, Li Feng

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 6/2013

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Abstract

Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) poses a great threat to the Chinese swine industry. During 2006–2011, 74.0 % (94/127) of samples from 32 swine-raising farms in 15 provinces were positive for PEDV by reverse transcription nested polymerase chain reaction (RT-nested PCR). The sequences of nucleocapsid (N) genes of 32 representative field strains were determined, and the open reading frames (ORFs) of these N genes were 1326 nucleotides long. The N gene sequences were found to be more than 95 % identical to each other. The number of potential phosphorylation sites in the N protein varied from 5 to 12. A phylogenetic tree based on the N genes showed that the 32 Chinese field strains formed three groups.

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Titel: Genetic variation of nucleocapsid genes of porcine epidemic diarrhea virus field strains in China
verfasst von: Jianfei Chen
Xiaozhen Liu
Hongwu Lang
Zhongtian Wang
Da Shi
Hongyan Shi
Xin Zhang
Li Feng
Publikationsdatum: 01.06.2013
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 6/2013
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-013-1608-8

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