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01.01.2015 | Brief Report

Identification and full-length molecular characterization of rare hepatitis C virus genotype 5a from India

verfasst von: Manish Chandra Choudhary, Ekta Gupta, Priyanka Pandey, Vidhya Natarajan, Shvetank Sharma, Chitranshu Vashishtha, Manoj Kumar Sharma, Syed N. Kazim, Shiv K. Sarin

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 1/2015

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Abstract

This report presents a molecular characterization of the complete genome of a rare hepatitis C virus (HCV) genotype (GT5a) from India. Sequence homology of full genome revealed that the strain belonged to HCV GT5a. To trace the origin of this virus and to understand its evolutionary pattern, a phylogenetic reconstruction was carried out on full HCV genome sequences using Bayesian coalescent methods. The phylogenetic tree reconstruction revealed genotypic divergence, with formation of distinct clades. This analysis revealed that HCV genotype 5 might have originated from HCV genotype 3, as they have a recent common ancestor.

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Global burden of disease (GBD) for hepatitis C (2004) J Clin Pharmacol 44(1):20–29. doi:10.1177/009127000325866944/1/20 CrossRef

Lavanchy D (2009) The global burden of hepatitis C. Liver Int 29(Suppl 1):74–81. doi:10.1111/j.1478-3231.2008.01934.xLIV1934 PubMedCrossRef

Shepard CW, Finelli L, Alter MJ (2005) Global epidemiology of hepatitis C virus infection. Lancet Infect Dis 5(9):558–567. doi:10.1016/S1473-3099(05)70216-4 PubMedCrossRef

Recommendations for prevention and control of hepatitis C virus (HCV) infection and HCV-related chronic disease. Centers for Disease Control and Prevention (1998) MMWR Recomm Rep 47(RR-19):1–39

Santantonio T, Wiegand J, Gerlach JT (2008) Acute hepatitis C: current status and remaining challenges. J Hepatol 49(4):625–633. doi:10.1016/j.jhep.2008.07.005 PubMedCrossRef

Takada N, Takase S, Takada A, Date T (1993) Differences in the hepatitis C virus genotypes in different countries. J Hepatol 17(3):277–283PubMedCrossRef

Thakur V, Guptan RC, Sarin SK (2000) Prevalence of hepatitis GB virus C/hepatitis G virus infection in blood donors in India. J Assoc Physicians India 48(8):818–819PubMed

Sood A, Sarin SK, Midha V, Hissar S, Sood N, Bansal P, Bansal M (2012) Prevalence of hepatitis C virus in a selected geographical area of northern India: a population based survey. Indian J Gastroenterol 31(5):232–236. doi:10.1007/s12664-012-0251-8 PubMedCrossRef

Singh S, Malhotra V, Sarin SK (2004) Distribution of hepatitis C virus genotypes in patients with chronic hepatitis C infection in India. Indian J Med Res 119(4):145–148PubMed

10.

Idrees M, Riazuddin S (2008) Frequency distribution of hepatitis C virus genotypes in different geographical regions of Pakistan and their possible routes of transmission. BMC Infect Dis 8:69. doi:10.1186/1471-2334-8-691471-2334-8-69 PubMedCentralPubMedCrossRef

11.

Tokita H, Shrestha SM, Okamoto H, Sakamoto M, Horikita M, Iizuka H, Shrestha S, Miyakawa Y, Mayumi M (1994) Hepatitis C virus variants from Nepal with novel genotypes and their classification into the third major group. J Gen Virol 75(Pt 4):931–936PubMedCrossRef

12.

Mondelli MU, Silini E (1999) Clinical significance of hepatitis C virus genotypes. J Hepatol 31(Suppl 1):65–70PubMedCrossRef

13.

Murphy DG, Willems B, Vincelette J, Bernier L, Cote J, Delage G (1996) Biological and clinicopathological features associated with hepatitis C virus type 5 infections. J Hepatol 24(1):109–113PubMedCrossRef

14.

Henquell C, Cartau C, Abergel A, Laurichesse H, Regagnon C, De Champs C, Bailly JL, Peigue-Lafeuille H (2004) High prevalence of hepatitis C virus type 5 in central France evidenced by a prospective study from 1996 to 2002. J Clin Microbiol 42(7):3030–3035. doi:10.1128/JCM.42.7.3030-3035.200442/7/3030 PubMedCentralPubMedCrossRef

15.

Verbeeck J, Maes P, Lemey P, Pybus OG, Wollants E, Song E, Nevens F, Fevery J, Delport W, Van der Merwe S, Van Ranst M (2006) Investigating the origin and spread of hepatitis C virus genotype 5a. J Virol 80(9):4220–4226. doi:10.1128/JVI.80.9.4220-4226.2006 PubMedCentralPubMedCrossRef

16.

Chamberlain RW, Adams NJ, Taylor LA, Simmonds P, Elliott RM (1997) The complete coding sequence of hepatitis C virus genotype 5a, the predominant genotype in South Africa. Biochem Biophys Res Commun 236(1):44–49. doi:10.1006/bbrc.1997.6902 PubMedCrossRef

17.

Davidson F, Simmonds P, Ferguson JC, Jarvis LM, Dow BC, Follett EA, Seed CR, Krusius T, Lin C, Medgyesi GA et al (1995) Survey of major genotypes and subtypes of hepatitis C virus using RFLP of sequences amplified from the 5′ non-coding region. J Gen Virol 76(Pt 5):1197–1204PubMedCrossRef

18.

Jover R, Perez-Serra J, de Vera F, Alamo JM, Munoz C, Yago C, Martinez-Ramirez R, Vidal JV (2001) Infection by genotype 5a of HCV in a district of southeast Spain. Am J Gastroenterol 96(10):3042–3043. doi:10.1111/j.1572-0241.2001.04695.x PubMedCrossRef

19.

Levi JE, Takaoka DT, Garrini RH, Fachini RM, Focaccia R, De Bortholi Santos E, Mitre HP, De Mendonca JS, De Paula Cavalheiro N, Barone AA, Wendel S (2002) Three cases of infection with hepatitis C virus genotype 5 among Brazilian hepatitis patients. J Clin Microbiol 40(7):2645–2647PubMedCentralPubMedCrossRef

20.

Panigrahi AK, Roca J, Acharya SK, Jameel S, Panda SK (1996) Genotype determination of hepatitis C virus from northern India: identification of a new subtype. J Med Virol 48(2):191–198. doi:10.1002/(SICI)1096-9071(199602)48:2<191:AID-JMV12>3.0.CO;2-I PubMedCrossRef

21.

Valliammai T, Thyagarajan SP, Zuckerman AJ, Harrison TJ (1995) Diversity of genotypes of hepatitis C virus in southern India. J Gen Virol 76(Pt 3):711–716PubMedCrossRef

22.

Das BR, Kundu B, Khandapkar R, Sahni S (2002) Geographical distribution of hepatitis C virus genotypes in India. Indian J Pathol Microbiol 45(3):323–328PubMed

23.

Attaullah S, Khan S, Ali I (2011) Hepatitis C virus genotypes in Pakistan: a systemic review. Virol J 8:433. doi:10.1186/1743-422X-8-4331743-422X-8-433 PubMedCentralPubMedCrossRef

24.

Gededzha MP, Selabe SG, Blackard JT, Kyaw T, Mphahlele MJ (2013) Near full-length genome analysis of HCV genotype 5 strains from South Africa. Infect Genet Evol. doi:10.1016/j.meegid.2013.10.022 PubMed

25.

Darriba D, Taboada GL, Doallo R, Posada D (2012) jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. Nat Methods 9(8):772. doi:10.1038/nmeth.2109nmeth.2109 PubMedCrossRef

26.

Drummond AJ, Suchard MA, Xie D, Rambaut A (2012) Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Mol Biol Evol 29(8):1969–1973. doi:10.1093/molbev/mss075mss075 PubMedCentralPubMedCrossRef

27.

Pang PS, Planet PJ, Glenn JS (2009) The evolution of the major hepatitis C genotypes correlates with clinical response to interferon therapy. PLoS One 4(8):e6579. doi:10.1371/journal.pone.0006579 PubMedCentralPubMedCrossRef

28.

Chakravarti A, Verma V (2006) Distribution of hepatitis C virus genotypes in beta-thalassaemic patients from Northern India. Transfus Med 16(6):433–438. doi:10.1111/j.1365-3148.2006.00704.x PubMedCrossRef

29.

Syed R, Satti VP, Habeeb A, Khaja MN (2013) Identification of rare hepatitis C virus genotype 5a among Indian population. Virus Genes. doi:10.1007/s11262-013-0905-3 PubMed

30.

Ribeiro LC, Souto FJ, do Espirito-Santo MP, Rodrigo G, Lampe E (2009) An autochthonous case of hepatitis C virus genotype 5a in Brazil: phylogenetic analysis. Arch Virol 154(4):665–670. doi:10.1007/s00705-008-0279-3 PubMedCrossRef

31.

Zehender G, Sorrentino C, Lai A, Ebranati E, Gabanelli E, Lo Presti A, Vujosevic D, Lausevic D, Terzic D, Shkjezi R, Bino S, Vratnica Z, Mugosa B, Galli M, Ciccozzi M (2013) Reconstruction of the evolutionary dynamics of hepatitis C virus subtypes in Montenegro and the Balkan region. Infect Genet Evol 17:223–230. doi:10.1016/j.meegid.2013.04.003 PubMedCrossRef

Titel: Identification and full-length molecular characterization of rare hepatitis C virus genotype 5a from India
verfasst von: Manish Chandra Choudhary
Ekta Gupta
Priyanka Pandey
Vidhya Natarajan
Shvetank Sharma
Chitranshu Vashishtha
Manoj Kumar Sharma
Syed N. Kazim
Shiv K. Sarin
Publikationsdatum: 01.01.2015
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 1/2015
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-014-2220-2

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