Background
Methods
Study population
Control population
DNA preparation and genotyping
Data handling and statistical analysis
Results
Parents | Children | |
---|---|---|
n/N or mean/s.d. | n/N or mean/s.d. | |
age/years) | 43.2/6.1 | 13.6/4.6 |
female sex | 204/408 (50.0%) | 207/474 (43.7%) |
height(cm) | 172.3/9.6 | 149.0/19.6 |
weight(kg) | 76.4/15.1 | 42.8/17.2 |
asthma diagnosis | 99/408(24.3%) | 416/474 (87.8%) |
Eczema | 51/382(13.4%) | 184/448 (41.1%) |
allergic rhinitis | 163/406 (40.1%) | 280/474 (59.1%) |
D.pter. (D1) > 0.5 kU/l | 109/340 (32.1%) | 243/422 (57.6%) |
D.far. (D2) > 0.5 kU/l | 103/341 (30.2%) | 236/422 (55.9%) |
grass(GX1) > 0.5 kU/l | 129/340 (37.9%) | 293/422 (69.4%) |
birch (T3) > 0.5 kU/l | 122/339 (36.0%) | 213/423 (50.4%) |
mean positive RASTs | 2.6/2.9 | 4.8/3.5 |
Eosinophils 103/μl | 0.2/0.2 | 0.4/0.4 |
IGE kU/l | 185.0/371.8 | 480.6/701.3 |
mean RAST > 0.5 kU/l | 2.6/2.9 | 4.8/3.5 |
SNP | Gene | Genomic position HG17 | MAF | P asthma | P log(IgE) | P log(25- OH-D3) | P log(1,25- OH2-D3) |
---|---|---|---|---|---|---|---|
rs3024498
| IL10 | 1203329924 | 0,26 | 0,2654 | 0,4625 |
0,0093
| 0,4479 |
rs1518111 | IL10 | 1203333040 | 0,22 | 0,7087 |
0,0487
| 0,4962 | 0,6031 |
rs10000076 | IL10 | 1203334410 | 0,02 | 0,3711 | 0,2364 | 0,2374 |
0,0030
|
Il10-571CA | IL10 | 1203334805 | 0,24 |
0,0247
| 0,3310 | 0,5889 | 0,3857 |
rs1800895 | IL10 | 1203334867 | 0,01 |
0,0039
| 0,5237 | 0,1152 | 0,3891 |
rs1800894 | IL10 | 1203335061 | 0,03 | 0,7773 | 0,5154 |
0,0101
| 0,1727 |
rs222040 | GC | 4072981967 | 0,43 | 0,9211 |
0,0163
| 0,3829 | 0,0662 |
rs7041 | GC | 4072983369 | 0,43 | 0,8812 |
0,0249
| 0,3884 | 0,0827 |
rs221999 | GC | 4073014083 | 0,24 | 0,1475 | 0,2755 |
0,0027
| 0,1920 |
rs1042714 | ADRB2 | 5148186666 | 0,40 | 0,8532 | 0,8492 |
0,0139
| 0,7524 |
rs1433048
| IL12B | 5158688423 | 0,18 | 0,3452 | 0,5814 | 0,4184 |
0,0339
|
rs2546890
| IL12B | 5158692478 | 0,45 |
0,0236
| 0,9066 | 0,5667 | 0,1599 |
rs10500804
| CYP2R1 | 11014866849 | 0,45 | 0,2242 |
0,0418
| 0,0833 | 0,8352 |
rs1562902
| CYP2R1 | 11014874792 | 0,43 | 0,1342 |
0,0443
| 0,1063 | 0,8049 |
rs10766197
| CYP2R1 | 11014878456 | 0,48 | 0,4700 |
0,0284
|
0,0459
| 0,7258 |
rs7975232 | VDR | 12046525104 | 0,49 | 0,2484 |
0,0400
| 0,9235 | 0,9351 |
rs2239186
| VDR | 12046555677 | 0,19 |
0,0350
| 0,7521 | 0,9212 | 0,5459 |
rs1805011
| IL4R | 16027281373 | 0,11 | 0,2334 |
0,0090
| 0,1110 | 0,2684 |
C406R | IL4R | 16027281467 | 0,15 | 1,0000 |
0,0255
| 0,6542 | 0,1249 |
rs1805015 | IL4R | 16027281681 | 0,16 | 0,8744 |
0,0003
| 0,4956 | 0,1197 |
Q551R | IL4R | 16027281901 | 0,25 | 0,2482 |
0,0017
| 0,9661 | 0,8287 |
rs1805016 | IL4R | 16027282428 | 0,05 | 0,2076 |
0,0082
|
0,0002
| 0,7390 |
rs10000306 | CARD15 | 16049288266 | 0,04 | 0,6473 |
0,0417
| 0,4739 | 0,5429 |
rs3135499 | CARD15 | 16049323628 | 0,37 |
0,0374
| 0,2742 | 0,3929 | 0,8405 |
rs2045387 | IL12RB1 | 19018061586 | 0,24 | 0,6826 | 0,7907 |
0,0145
| 0,3191 |
rs2296241
| CYP24A1 | 20052219626 | 0,50 |
0,0046
| 0,9291 | 0,8917 | 0,5098 |
rs17219315 | CYP24A1 | 20052221853 | 0,02 | 0,8658 | 0,6289 |
0,0095
| 0,3056 |
rs2762942 | CYP24A1 | 20052222332 | 0,04 | 0,7140 | 0,1506 | 0,2030 |
0,0397
|
rs2248137
| CYP24A1 | 20052223150 | 0,39 |
0,0256
| 0,8250 | 0,2567 | 0,9096 |
rs2248359
| CYP24A1 | 20052224925 | 0,36 |
0,0158
| 0,9302 | 0,2284 | 0,8510 |
SNP | Gene | P asthma | P log(IgE) | P log(25-OH- D3) | P log(1,25-OH2-D3) | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
heterocygote | homocygote | heterocygote | homocygote | heterocygote | homocygote | heterocygote | homocygote | ||||||||||
ß coeff. | P | ß coeff. | P | ß coeff. | P | ß coeff. | P | ß coeff. | P | ß coeff. | P | ß coeff. | P | ß coeff. | P | ||
rs3024498
| IL10 | 0,132 | 0,837 | -0,140 | 0,822 | 0,875 |
0,034
| 1,026 |
0,011
| 0,002 | 0,984 | 0,068 | 0,575 | -0,022 | 0,819 | 0,014 | 0,883 |
Il10571CA | IL10 | 1,731 |
0,024
| 1,225 | 0,080 | 0,446 | 0,362 | 0,241 | 0,608 | 0,171 | 0,290 | 0,252 | 0,110 | -0,080 | 0,484 | -0,090 | 0,421 |
rs6811536 | SPP1 | 0,215 | 0,632 | 0,266 | 0,555 | 0,532 | 0,069 | 0,687 |
0,019
| 0,159 | 0,112 | 0,149 | 0,136 | -0,048 | 0,528 | -0,038 | 0,623 |
rs3213119 | IL12B | -13,300 | 0,988 | -13,765 | 0,988 | 2,221 | 0,149 | 2,950 |
0,050
| -0,125 | 0,799 | -0,124 | 0,795 | -0,063 | 0,869 | -0,090 | 0,808 |
rs2853694 | IL12B | -0,295 | 0,394 | -0,845 |
0,020
| 0,212 | 0,288 | 0,272 | 0,216 | -0,076 | 0,241 | -0,092 | 0,200 | 0,069 | 0,173 | 0,003 | 0,952 |
rs3181216 | IL12B | 0,729 | 0,058 | 0,972 |
0,013
| -0,306 | 0,231 | -0,300 | 0,238 | 0,086 | 0,322 | 0,191 |
0,029
| 0,090 | 0,180 | 0,051 | 0,446 |
rs1433048
| IL12B | 0,632 | 0,412 | 0,595 | 0,427 | 0,916 | 0,077 | 1,074 |
0,034
| 0,082 | 0,658 | 0,019 | 0,916 | 0,063 | 0,656 | 0,037 | 0,792 |
rs2546890
| IL12B | -0,367 | 0,293 | -0,808 |
0,026
| 0,166 | 0,391 | 0,272 | 0,199 | -0,059 | 0,355 | -0,074 | 0,291 | 0,002 | 0,969 | -0,033 | 0,547 |
rs3132299 | RXRA | -15,303 | 0,986 | -15,118 | 0,987 | 0,803 | 0,181 | 0,383 | 0,517 | 0,032 | 0,873 | 0,108 | 0,587 | 0,319 |
0,042
| 0,366 |
0,018
|
rs877954 | RXRA | -0,433 | 0,301 | -0,258 | 0,551 | 0,345 | 0,163 | -0,119 | 0,640 | 0,175 |
0,029
| 0,156 | 0,059 | 0,031 | 0,616 | -0,003 | 0,965 |
rs10500804
| CYP2R1 | 0,279 | 0,394 | 0,287 | 0,434 | 0,212 | 0,323 | 0,421 | 0,077 | 0,069 | 0,323 | 0,191 |
0,014
| 0,032 | 0,554 | -0,001 | 0,982 |
rs1562902
| CYP2R1 | -0,071 | 0,846 | 0,020 | 0,960 | -0,020 | 0,930 | 0,026 | 0,917 | -0,108 | 0,143 | -0,202 |
0,011
| 0,038 | 0,517 | 0,050 | 0,426 |
rs10766197
| CYP2R1 | -0,112 | 0,733 | 0,014 | 0,970 | 0,259 | 0,202 | 0,377 | 0,104 | 0,074 | 0,266 | 0,181 |
0,017
| 0,032 | 0,532 | -0,018 | 0,757 |
rs1544410 | VDR | -0,105 | 0,786 | -0,268 | 0,496 | -0,350 | 0,145 | -0,149 | 0,544 | 0,041 | 0,592 | 0,111 | 0,165 | -0,120 |
0,040
| 0,047 | 0,441 |
rs2239185 | VDR | 0,620 |
0,041
| 0,554 | 0,110 | -0,184 | 0,352 | -0,187 | 0,408 | -0,022 | 0,730 | -0,007 | 0,920 | -0,110 |
0,028
| -0,034 | 0,544 |
rs2239186
| VDR | -0,274 | 0,669 | 0,289 | 0,641 | 0,638 | 0,121 | 0,558 | 0,160 | -0,268 |
0,040
| -0,163 | 0,193 | -0,218 |
0,036
| -0,156 | 0,119 |
rs2228570 | VDR | 0,708 | 0,104 | 0,834 | 0,058 | 0,481 | 0,108 | 0,653 |
0,029
| -0,100 | 0,279 | -0,073 | 0,435 | -0,042 | 0,537 | -0,001 | 0,988 |
rs238532 | CYP27B1 | -0,449 | 0,577 | 0,626 | 0,214 | 0,647 | 0,144 | -0,075 | 0,813 | -0,025 | 0,857 | 0,081 | 0,463 | 0,281 |
0,009
| -0,063 | 0,456 |
rs703842 | CYP27B1 | -0,467 | 0,316 | -0,391 | 0,401 | 0,549 |
0,036
| 0,525 |
0,045
| -0,041 | 0,631 | 0,046 | 0,589 | -0,064 | 0,335 | -0,022 | 0,738 |
rs1805011
| IL4R | -13,530 | 0,986 | -13,774 | 0,986 | -2,094 |
0,024
| -1,752 | 0,053 | 0,559 |
0,049
| 0,497 | 0,073 | 0,193 | 0,382 | 0,212 | 0,329 |
rs2076753 | CARD15 | -1,152 |
0,044
| -1,300 |
0,023
| 0,093 | 0,738 | 0,137 | 0,625 | 0,062 | 0,483 | 0,057 | 0,526 | 0,000 | 0,998 | -0,059 | 0,397 |
rs2066842 | CARD15 | -1,260 |
0,028
| -1,416 |
0,013
| -0,039 | 0,884 | 0,083 | 0,757 | 0,037 | 0,669 | 0,014 | 0,871 | 0,028 | 0,673 | -0,038 | 0,560 |
rs2066843 | CARD15 | -1,221 |
0,033
| -1,301 |
0,023
| -0,066 | 0,813 | 0,055 | 0,842 | 0,007 | 0,939 | 0,010 | 0,912 | 0,016 | 0,819 | -0,041 | 0,544 |
rs2076756 | CARD15 | -1,396 |
0,031
| -1,427 |
0,027
| -0,142 | 0,627 | 0,073 | 0,800 | 0,077 | 0,410 | 0,055 | 0,552 | 0,035 | 0,627 | -0,029 | 0,680 |
rs375947 | IL12RB1 | 1,012 |
0,011
| 0,580 | 0,125 | 0,117 | 0,653 | 0,087 | 0,733 | 0,133 | 0,116 | 0,063 | 0,443 | 0,140 |
0,027
| -0,011 | 0,858 |
rs2244719 | CYP24A1 | 0,257 | 0,407 | -0,029 | 0,931 | -0,045 | 0,817 | 0,184 | 0,389 | 0,139 |
0,029
| 0,025 | 0,723 | 0,165 |
0,001
| 0,114 |
0,031
|
rs2296241
| CYP24A1 | 0,042 | 0,889 | 0,548 | 0,125 | 0,101 | 0,609 | -0,018 | 0,934 | 0,160 |
0,012
| 0,030 | 0,669 | -0,058 | 0,236 | 0,039 | 0,463 |
rs2248137
| CYP24A1 | -0,104 | 0,776 | -0,253 | 0,503 | 0,320 | 0,145 | 0,117 | 0,609 | 0,038 | 0,599 | -0,024 | 0,748 | -0,120 |
0,028
| -0,131 |
0,021
|
rs2762943 | CYP24A1 | 15,934 | 0,986 | 15,861 | 0,986 | -3,140 |
0,041
| -3,193 |
0,036
| -0,146 | 0,763 | -0,195 | 0,684 | -0,878 |
0,018
| -0,784 |
0,033
|
rs2248359
| CYP24A1 | -0,109 | 0,793 | -0,460 | 0,245 | 0,230 | 0,345 | 0,057 | 0,805 | -0,023 | 0,766 | -0,019 | 0,803 | -0,137 |
0,025
| -0,112 | 0,056 |
rs2426496 | CYP24A1 | 0,415 | 0,403 | -0,091 | 0,848 | -0,045 | 0,886 | -0,225 | 0,464 | 0,207 |
0,038
| 0,165 | 0,091 | -0,060 | 0,436 | -0,076 | 0,314 |
h1 | h2 | h3 | h4 | h5 | h6 | h7 | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SNP | rs2296241 | G | A | A | G | G | A | A |
rs17219315 | A | A | A | A | A | A | G | |
rs2762942 | A | A | A | G | A | A | A | |
rs2248137 | C | G | C | C | G | G | G | |
rs2248359 | C | T | C | C | T | C | T | |
frequency | 0,40 | 0,31 | 0,15 | 0,04 | 0,03 | 0,03 | 0,02 | |
asthma | Z value | 3,42 | -2,11 | -1,43 | 0,10 | NA | NA | NA |
P value |
0,001
|
0,035
| 0,153 | 0,919 | NA | NA | NA | |
log(IgE) | Z value | 3,19 | -1,97 | -1,26 | -0,46 | 0,71 | NA | -0,79 |
p value |
0,001
|
0,049
| 0,208 | 0,645 | 0,478 | NA | 0,432 | |
log(25-OH-D3) | Z value | 2,85 | -2,25 | -1,03 | 0,08 | 1,59 | NA | -0,22 |
P value |
0,004
|
0,025
| 0,305 | 0,935 | 0,112 | NA | 0,823 | |
log(1,25-OH2-D3) | Z value | 2,83 | -1,94 | -1,38 | 0,10 | 1,50 | NA | -0,09 |
p value |
0,005
| 0,052 | 0,167 | 0,922 | 0,134 | NA | 0,932 |