Skip to main content
Hauptrubriken
CME Facharzt-Training Webinare Zeitschriften Bücher e.Medpedia Podcast
Service
Jobbörse Info & Hilfe
Fachgebiete
Anästhesiologie Allgemeinmedizin Arbeitsmedizin Augenheilkunde Chirurgie Dermatologie Gynäkologie und Geburtshilfe HNO Innere Medizin Kardiologie Neurologie Onkologie und Hämatologie Orthopädie und Unfallchirurgie Pädiatrie Pathologie Psychiatrie Radiologie Rechtsmedizin Urologie Zahnmedizin
Themen
Typ-2-Diabetes und Adipositas Klimawandel und Gesundheit Neues aus dem Markt Praxis und Beruf Seltene Erkrankungen GOÄ & EBM Panorama
Sammlungen
Kasuistiken Algorithmen & Infografiken Blickdiagnosen Arthropedia FlapFinder (für Dermatochirurgen) Videos Kongressberichterstattung Medizin für Apothekerinnen und Apotheker Fachpsychotherapie Für Ärztinnen und Ärzte in Weiterbildung Für Medizinstudierende Patientenratgeber
Erweiterte Suche
Anmelden
nach oben
Clinical and Experimental Nephrology
Erschienen in:

15.04.2019 | Original article

Mutation analyses by next-generation sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification in Japanese autosomal dominant polycystic kidney disease patients

verfasst von: Toshio Mochizuki, Atsuko Teraoka, Hiroyuki Akagawa, Shiho Makabe, Taro Akihisa, Masayo Sato, Hiroshi Kataoka, Michihiro Mitobe, Toru Furukawa, Ken Tsuchiya, Kosaku Nitta

Erschienen in: Clinical and Experimental Nephrology | Ausgabe 8/2019

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

Background

Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD), one of the most common hereditary kidney diseases, causes gradual growth of cysts in the kidneys, leading to renal failure. Owing to the advanced technology of next-generation sequencing (NGS), genetic analyses of the causative genes PKD1 and PKD2 have been improved.

Methods

We performed genetic analyses of 111 Japanese ADPKD patients using hybridization-based NGS and long-range (LR)-PCR-based NGS. Additionally, genetic analyses in exon 1 of PKD1 using Sanger sequencing because of an extremely low coverage of NGS and those using multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) were performed.

Results

The detection rate using NGS for 111 patients was 86.5%. One mutation in exon 1 of PKD1 and five deletions detected by MLPA were identified. When combined, the total detection rate was 91.9%.

Conclusion

Although NGS is useful, we propose the addition of Sanger sequencing for exon 1 of PKD1 and MLPA as indispensable for identifying mutations not detected by NGS.
Anhänge
Nur mit Berechtigung zugänglich
Literatur
1.
Mochizuki T, Tsuchiya K, Nitta K. Autosomal dominant polycystic kidney disease: recent advances in pathogenesis and potential therapies. Clin Exp Nephrol. 2013;17:317–26.CrossRefPubMed
2.
Cornec-Le Gall E, Audrezet MP, Chen JM, Hourmant M, Morin MP, Perrichot R, Charasse C, Whebe B, Renaudineau E, Jousset P, Guillodo MP, Grall-Jezequel A, Saliou P, Ferec C, Le Meur Y. Type of PKD1 mutation influences renal outcome in ADPKD. J Am Soc Nephrol JASN. 2013;24:1006–13.CrossRefPubMed
3.
Torres VE, Chapman AB, Devuyst O, Gansevoort RT, Grantham JJ, Higashihara E, Perrone RD, Krasa HB, Ouyang J, Czerwiec FS, Investigators TT. Tolvaptan in patients with autosomal dominant polycystic kidney disease. N Engl J Med. 2012;367:2407–18.CrossRefPubMedPubMedCentral
4.
Torres VE, Chapman AB, Devuyst O, Gansevoort RT, Perrone RD, Dandurand A, Ouyang J, Czerwiec FS, Blais JD, Investigators TT. Multicenter, open-label, extension trial to evaluate the long-term efficacy and safety of early versus delayed treatment with tolvaptan in autosomal dominant polycystic kidney disease: the TEMPO 4:4 Trial. Nephrol Dialysis Transplant. 2017. https://​doi.​org/​10.​1093/​ndt/​gfx043.CrossRef
5.
Phakdeekitcharoen B, Watnick TJ, Germino GG. Mutation analysis of the entire replicated portion of PKD1 using genomic DNA samples. J Am Soc Nephrol JASN. 2001;12:955–63.PubMed
6.
Watnick TJ, Piontek KB, Cordal TM, Weber H, Gandolph MA, Qian F, Lens XM, Neumann HP, Germino GG. An unusual pattern of mutation in the duplicated portion of PKD1 is revealed by use of a novel strategy for mutation detection. Hum Mol Genet. 1997;6:1473–81.CrossRefPubMed
7.
Watnick T, Phakdeekitcharoen B, Johnson A, Gandolph M, Wang M, Briefel G, Klinger KW, Kimberling W, Gabow P, Germino GG. Mutation detection of PKD1 identifies a novel mutation common to three families with aneurysms and/or very-early-onset disease. Am J Hum Genet. 1999;65:1561–71.CrossRefPubMedPubMedCentral
8.
Rossetti S, Hopp K, Sikkink RA, Sundsbak JL, Lee YK, Kubly V, Eckloff BW, Ward CJ, Winearls CG, Torres VE, Harris PC. Identification of gene mutations in autosomal dominant polycystic kidney disease through targeted resequencing. J Am Soc Nephrol JASN. 2012;23:915–33.CrossRefPubMed
9.
Qi XP, Du ZF, Ma JM, Chen XL, Zhang Q, Fei J, Wei XM, Chen D, Ke HP, Liu XZ, Li F, Chen ZG, Su Z, Jin HY, Liu WT, Zhao Y, Jiang HL, Lan ZZ, Li PF, Fang MY, Dong W, Zhang XN. Genetic diagnosis of autosomal dominant polycystic kidney disease by targeted capture and next-generation sequencing: utility and limitations. Gene. 2013;516:93–100.CrossRefPubMed
10.
Kinoshita M, Higashihara E, Kawano H, Higashiyama R, Koga D, Fukui T, Gondo N, Oka T, Kawahara K, Rigo K, Hague T, Katsuragi K, Sudo K, Takeshi M, Horie S, Nutahara K. Technical evaluation: identification of pathogenic mutations in PKD1 and PKD2 in patients with autosomal dominant polycystic kidney disease by next-generation sequencing and use of a comprehensive new classification system. PLoS ONE. 2016;11:e0166288.CrossRefPubMedPubMedCentral
11.
Kozlowski P, Bissler J, Pei Y, Kwiatkowski DJ. Analysis of PKD1 for genomic deletion by multiplex ligation-dependent probe assay: absence of hot spots. Genomics. 2008;91:203–8.CrossRefPubMed
12.
Yu G, Qian X, Wu Y, Li X, Chen J, Xu J, Qi J. Analysis of gene mutations in PKD1/PKD2 by multiplex ligation-dependent probe amplification: some new findings. Ren Fail. 2015;37:366–71.CrossRefPubMed
13.
Pei Y, Obaji J, Dupuis A, Paterson AD, Magistroni R, Dicks E, Parfrey P, Cramer B, Coto E, Torra R, San Millan JL, Gibson R, Breuning M, Peters D, Ravine D. Unified criteria for ultrasonographic diagnosis of ADPKD. J Am Soc Nephrol JASN. 2009;20:205–12.CrossRefPubMed
14.
Irazabal MV, Rangel LJ, Bergstralh EJ, Osborn SL, Harmon AJ, Sundsbak JL, Bae KT, Chapman AB, Grantham JJ, Mrug M, Hogan MC, El-Zoghby ZM, Harris PC, Erickson BJ, King BF, Torres VE. Imaging classification of autosomal dominant polycystic kidney disease: a simple model for selecting patients for clinical trials. J Am Soc Nephrol JASN. 2015;26:160–72.CrossRefPubMed
15.
Tsuchiya K, Komeda M, Takahashi M, Yamashita N, Cigira M, Suzuki T, Suzuki K, Nihei H, Mochizuki T. Mutational analysis within the 3′ region of the PKD1 gene in Japanese families. Mutat Res. 2001;458:77–84.PubMed
16.
Hayashi T, Mochizuki T, Reynolds DM, Wu G, Cai Y, Somlo S. Characterization of the exon structure of the polycystic kidney disease 2 gene (PKD2). Genomics. 1997;44:131–6.CrossRefPubMed
17.
Audrezet MP, Cornec-Le Gall E, Chen JM, Redon S, Quere I, Creff J, Benech C, Maestri S, Le Meur Y, Ferec C. Autosomal dominant polycystic kidney disease: comprehensive mutation analysis of PKD1 and PKD2 in 700 unrelated patients. Hum Mutat. 2012;33:1239–50.CrossRefPubMed
18.
Grantham R. Amino acid difference formula to help explain protein evolution. Science. 1974;185:862–4.CrossRefPubMed
19.
Tavtigian SV, Greenblatt MS, Lesueur F, Byrnes GB, Group IUGVW. In silico analysis of missense substitutions using sequence-alignment based methods. Hum Mutat. 2008;29:1327–36.CrossRefPubMedPubMedCentral
20.
Adzhubei IA, Schmidt S, Peshkin L, Ramensky VE, Gerasimova A, Bork P, Kondrashov AS, Sunyaev SR. A method and server for predicting damaging missense mutations. Nat Methods. 2010;7:248–9.CrossRefPubMedPubMedCentral
21.
22.
23.
Schwarz JM, Rodelsperger C, Schuelke M, Seelow D. MutationTaster evaluates disease-causing potential of sequence alterations. Nat Methods. 2010;7:575–6.CrossRefPubMed
24.
Genomes Project C, Abecasis GR, Auton A, Brooks LD, DePristo MA, Durbin RM, Handsaker RE, Kang HM, Marth GT, McVean GA. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. Nature. 2012;491:56–65.CrossRef
25.
Higasa K, Miyake N, Yoshimura J, Okamura K, Niihori T, Saitsu H, Doi K, Shimizu M, Nakabayashi K, Aoki Y, Tsurusaki Y, Morishita S, Kawaguchi T, Migita O, Nakayama K, Nakashima M, Mitsui J, Narahara M, Hayashi K, Funayama R, Yamaguchi D, Ishiura H, Ko WY, Hata K, Nagashima T, Yamada R, Matsubara Y, Umezawa A, Tsuji S, Matsumoto N, Matsuda F. Human genetic variation database, a reference database of genetic variations in the Japanese population. J Hum Genet. 2016;61:547–53.CrossRefPubMedPubMedCentral
26.
Kurashige M, Hanaoka K, Imamura M, Udagawa T, Kawaguchi Y, Hasegawa T, Hosoya T, Yokoo T, Maeda S. A comprehensive search for mutations in the PKD1 and PKD2 in Japanese subjects with autosomal dominant polycystic kidney disease. Clin Genet. 2015;87:266–72.CrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Mutation analyses by next-generation sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification in Japanese autosomal dominant polycystic kidney disease patients
verfasst von
Toshio Mochizuki
Atsuko Teraoka
Hiroyuki Akagawa
Shiho Makabe
Taro Akihisa
Masayo Sato
Hiroshi Kataoka
Michihiro Mitobe
Toru Furukawa
Ken Tsuchiya
Kosaku Nitta
Publikationsdatum
15.04.2019
Verlag
Springer Singapore
Erschienen in
Clinical and Experimental Nephrology / Ausgabe 8/2019
Print ISSN: 1342-1751
Elektronische ISSN: 1437-7799
DOI
https://doi.org/10.1007/s10157-019-01736-3

Weitere Artikel der Ausgabe 8/2019

The interaction between post-transplant anemia and allograft function in kidney transplantation: The Japan Academic Consortium of Kidney Transplantation-II study

  • Original article

Genetic risk score raises the risk of incidence of chronic kidney disease in Korean general population-based cohort

  • Original article

N-Acetyl-seryl-aspartyl-lysyl-proline is a potential biomarker of renal function in normoalbuminuric diabetic patients with eGFR ≥ 30 ml/min/1.73 m2

  • Original article

The effects of a participatory structured group educational program on the development of CKD: a population-based study

  • Original article

A quantitative approach to intravenous fluid therapy in the syndrome of inappropriate antidiuretic hormone secretion

  • Open Access
  • Original article

Huge internal iliac artery aneurysm and post-renal AKI

  • Images in Nephrology

Kompaktes Leitlinien-Wissen Innere Medizin (Link öffnet in neuem Fenster)

Mit medbee Pocketcards schnell und sicher entscheiden.
Leitlinien-Wissen kostenlos und immer griffbereit auf ihrem Desktop, Handy oder Tablet.

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Viele erhielten in der Pandemie zu früh Sauerstoff

Die Entscheidung zur Sauerstofftherapie in Notaufnahmen variierte in Italien während der Corona-Pandemie stark zwischen den einzelnen Kliniken. Oft entschieden sich Ärzte und Ärztinnen jedoch früher als nötig für eine Behandlung mit Sauerstoff.

Zufällig entdeckter Barrett-Ösophagus nicht weniger risikobehaftet

Fälle von Barrett-Ösophagus, die bei einer ÖGD als Zufallsbefund zutage treten, sind keine Seltenheit und auch keineswegs harmloser als Barrett-Metaplasien, die bei gezieltem Screening oder Surveillance-Untersuchungen entdeckt werden. 

Eosinophile Ösophagitis: Doppelte Dosis PPI wirkt besser

Protonenpumpenhemmer führen bei eosinophiler Ösophagitis nur in etwa jedem zweiten Fall zu einer klinischen bzw. histologischen Remission, so das Ergebnis einer Metaanalyse. Verbessern lässt sich die Quote möglicherweise mit einer Dosisverdopplung und der Aufteilung der Tagesdosis.

Testosterontherapie bei Klinefelter-Syndrom senkt Sterblichkeit

Das Klinefelter-Syndrom bleibt bei vielen Männern unerkannt – und selbst nach einer Diagnose erhalten Betroffene oft keine Testosteronersatztherapie. Eine dänische Studie zeigt jedoch, dass eine solche Behandlung die Mortalität um nahezu 50% senken kann.

EKG Essentials: EKG befunden mit System (Link öffnet in neuem Fenster)

In diesem CME-Kurs können Sie Ihr Wissen zur EKG-Befundung anhand von zwölf Video-Tutorials auffrischen und 10 CME-Punkte sammeln.
Praxisnah, relevant und mit vielen Tipps & Tricks vom Profi.

Jetzt 10 CME-Punkte sammeln

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen
Bildnachweise