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24.09.2019 | Original Article | Ausgabe 12/2019

Archives of Virology 12/2019

Mutational landscape and intra-host diversity of human papillomavirus type 16 long control region and E6 variants in cervical samples

Zeitschrift:
Archives of Virology > Ausgabe 12/2019
Autoren:
Noé Escobar-Escamilla, Blanca Estela González-Martínez, Adnan Araiza-Rodríguez, David Esaú Fragoso-Fonseca, Abraham Pedroza-Torres, Magaly Guadalupe Landa-Flores, Fabiola Garcés-Ayala, Edgar Mendieta-Condado, José Alberto Díaz-Quiñonez, Graciela Castro-Escarpulli, José Ernesto Ramírez-González
Wichtige Hinweise
Handling Editor: Carolina Scagnolari.

Electronic supplementary material

The online version of this article (https://​doi.​org/​10.​1007/​s00705-019-04407-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Publisher's Note

Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.

Abstract

Human papillomavirus genotype 16 (HPV16) is the most frequent high-risk HPV (HR-HPV) identified in cervical precursor lesions and cervical cancer (CC) worldwide. The oncogenic potential of HPV16 is partly dependent on the lineage involved in the infection and the presence of clinically relevant mutations. In this report, we present the distribution of HR-HPV and the mutational profile and intra-host variability of HPV16 lineages, based on analysis of the long control region (LCR) and the E6 gene in samples with normal cytology (n = 39), squamous intraepithelial lesions (n = 25), and CC (n = 39). HR-HPV genotyping was performed using multiplex real-time PCR. HPV16 lineage assignments and mutation frequencies were determined by conventional PCR and Sanger DNA sequencing, and intra-patient viral populations were analyzed using next-generation sequencing (NGS). The most frequent HR-HPV type was HPV16, followed by HPV31 and HPV18. The frequency of HPV16 sublineages was A1/A2 > D2 > D3 and B1. Moreover, the most frequent mutations, both in samples from this study and in the available sequences from Mexican isolates in the GenBank database were LCR-G7518A, which is involved in carcinogenesis, and E6-T350G (producing L83V), associated with persistence of infection. Otherwise, deep sequencing revealed high conservation of viral lineages and mutations, independently of the stages studied. In conclusion, the high frequency and stability of these molecular markers, as well as the circulating viral lineages, could be related to the incidence of CC associated with HPV16. Hence, they deserve a broader analysis to determine the risk of specific populations for progression of the disease.

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HPV genotyping and cytological results (XLSX 12 kb)
705_2019_4407_MOESM1_ESM.xlsx
Multiple alignment of sequences of the regulatory LCR region from Mexican HPV16 isolates. A total of 832 nt were included, corresponding to positions 7154- 82 in the K02718.1 reference genome sequence (FAS 120 kb)
705_2019_4407_MOESM2_ESM.fas
Multiple alignment of sequences of the complete E6 coding region from HPV16 Mexican isolates (FAS 41 kb)
705_2019_4407_MOESM3_ESM.fas
Literatur
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