Thrombin schneidet bevorzugt an Argininresten (die freie negativ geladene Carboxylgruppe von Asp im katalytischen Zentrum bindet die positiv geladene Guanidinogruppe von Arg im Substrat), wobei die Substratspezifität durch die Bindung an „exosites“ außerhalb des katalytischen Zentrums bestimmt wird. Thrombin ist einer der Vitamin K-abhängigen
Gerinnungsfaktoren (F2, F7, F9, F10, PC, PS). Neben seiner Hauptfunktion in der Umwandlung von
Fibrinogen zu
Fibrin aktiviert Thrombin eine Reihe von Gerinnungsfaktoren wie F5 ( F5a ist einbedeutender Gerinnungs-Beschleuniger), F8, F11, F13 oder von Inhibitoren der Gerinnung wie
Protein C und „thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor“ (TAFI). Wenn Thrombin an das membranständige
Thrombomodulin bindet, verliert es seine Reaktivität für Fibrinogen. Der Thrombin-Thrombomodulin-Komplex aktiviert Protein C und TAFI. An Thrombomodulin gebundenes Thrombin wird auch vom wichtigsten Inaktivator von Thrombin, dem
Antithrombin-3, inaktiviert. Daneben spaltet Thrombin eine Reihe zellulärer Rezeptoren („protease activated receptor“, PAR-1, PAR-3 und PAR-4), der neue N-Terminus, imitiert durch das Peptid TRAP („thrombin receptor activator peptide“) aktiviert die Zelle. PAR-1 und PAR-4 scheinen die wesentlichen Thrombinrezeptoren für die Aktivierung von humanen
Thrombozyten durch Thrombin zu sein. Die Aktivierung von Thrombozyten - PAR-1 durch Thrombin scheint auch für den Synergismus von primärer und sekundärer
Hämostase bei Kollagen-induzierter Hämostaseaktivierung verantwortlich zu sein. Die Präsenz von Thrombinrezeptoren auf Zellen wie
T-Lymphozyten, Endothelzellen,
Monozyten und
Megakaryozyten erklärt die Vielzahl der Effekte von Thrombin.