Findings
IBV Strains | 5'UTR | PLpro | Mpro | RdRp | ORF1 | ORF2-6 | Complete genome |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Ark99
|
98
| 87 |
99
|
99
| NA |
96
| NA |
A2 | 95 | 83 | 85 |
99
| 86 | 85 | 86 |
Beaudette |
96
| 85 | 93 | 93 | 91 | 91 | 91 |
BJ |
96
| 83 | 88 | 93 | 86 | 85 | 86 |
Cal99* |
100
|
99
|
97
|
99
|
96
| 94 |
96
|
CK/CH/LSD/05I |
97
| 84 | 88 | 90 | 89 | 90 | 89 |
Connecticut
|
97
| 87 |
100
|
99
| NA |
96
| NA |
CU-T2* |
100
| 94 |
99
|
99
| NA | 94 | NA |
DE072 |
100
|
100
| 90 | 90 | NA | NA | NA |
Florida |
97
| 87 |
100
|
99
| NA | NA | NA |
GA98* |
100
|
100
|
100
|
100
| NA | NA | NA |
Gray
|
100
| 87 |
100
|
100
| NA | NA | NA |
Jilin | NA | NA | NA | NA | NA |
100
| NA |
LX4 | 94 | 83 | 85 | 89 | 87 | 84 | 86 |
M41 |
97
| 87 | 91 | 94 | 91 | 91 | 91 |
SAIBK | 92 | 85 | 90 | 90 | 90 | 86 | 89 |
BV Strains | S1 | S2 | 3a | 3b | 3c | M | 5a | 5b | N | 3'UTR |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ark99
|
97(96)
|
96(95)
| 92 |
99
|
96(92)
|
97(97)
| 93 |
97
|
98(98)
|
97
|
Beaudette | 81(79) | 95(94) | 91 | 84 | 88(83) | 91(93) | 85 | 93 | 93(95) |
97
|
BJ | 77(75) | 85(89) | 88 | 76 | 87(79) | 90(93) | NA | NA | 89(93) | 87 |
Cal99* | 87(84) | 94(93) | 92 |
99
| 94(90) |
97(96)
|
100
|
98
|
95(98)
| 89 |
CK/CH/LSD/05I | 78(75) | 88(91) | 89 | 84 | (87) |
96(96)
|
99
|
100
|
100(99)
| 90 |
Conn
| 81(77) |
96(96)
| 92 |
99
|
100(100)
|
100(100)
|
100
|
100
|
100(100)
| NA |
CU-T2* |
96(94)
| 93(93) | 88 | 98 | 92(87) | 88(87) |
97
|
99
|
95(96)
|
97
|
DE072 | 62(50) | 75(76) | NA | NA | NA | NA |
98
|
98
| NA |
98
|
Gray
| 83(80) |
99(99)
| NA | NA |
96(92)
|
98(98)
|
97
|
99
|
97(97)
|
98
|
GAV-92 | 94(92) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
H120 | 81(78) | NA | NA | NA | NA | 92(94) | NA | NA |
93(96)
| 83 |
HK* | 81(78) |
96(96)
|
99
|
100
|
100(100)
|
100(100)
|
100
|
100
|
100(100)
| NA |
Holte | 83(80) | 95(95) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
Ind/TN/92/03 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 92(94) | NA |
IS/1366 | 78(75) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 92(95) | NA |
Jilin* |
100(99)
|
100(100)
|
100
|
100
|
100(100)
|
100(100)
|
100
|
100
|
100(100)
|
100
|
JMK
| 84(82) |
100(100)
| NA | NA | NA |
97(98)
| NA | NA | NA | NA |
KB8523 | 81(78) | 91(92) | NA | NA | NA | 93(95) | NA | NA |
95(96)
| NA |
LX4 | 77(76) | 85(88) | 86 | 76 | 88(80) | 91(91) | 82 | 90 | 89(93) | NA |
M41 | 81(78) | 95(94) | 91 | 85 | 88(83) | 91(95) | 90 |
97
| 94(95) |
97
|
Qu16 | 84(81) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
SAIBK | 79(77) | 87(91) | 86 | 83 | 85(80) | 89(93) | 84 |
96
| 87(92) | 88 |
TW2296/95 | 79(77) | 86(90) | 86 | 85 | (83) | 91(92) | 82 |
96
| 89(92) | NA |
UK/2/91 | 78(76) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
Vic | 81(79) | 89(92) | 88 | 88 | 88(88) | 89(95) | 87 | 94 | 90(94) | NA |
Coronavirusesa | 3CLpro | RdRp | S | E | M | N | Complete genomeb |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BatCoV | 40 |
70
| 22 | 11 | 29 | 25 | 46 |
BCoV | 41 |
67
| 21 | 13 | 30 | 24 | 47 |
ECoV | 41 |
67
| 22 | 13 | 30 | 25 | 47 |
FCoV | 45 |
62
| 22 | 16 | 23 | 23 | 48 |
HCoV 229E | 40 |
63
| 23 | 12 | 26 | 23 | 49 |
TGEV | 46 |
61
| 22 | 20 | 25 | 26 | 49 |
MHV A59 | 40 |
69
| 21 | 14 | 31 | 26 | 46 |
SARS CoV | 46 |
68
| 21 | 17 | 29 | 22 | 45 |
SW1 |
56
|
79
| 25 | 28 | 36 | 35 | 50 |
TCoV
|
96
|
98
| 34 |
91
|
97
|
95
|
88
|