Für Überleben, Selbsterneuerung, Expansion, Ruhezustand sowie Ausschwemmung und Einnistung von HSZ ist ein spezielles Mikromilieu erforderlich, das durch lösliche Botenstoffe (
Zytokine)
in vitro nicht ersetzt werden kann. Während der ontogenetischen Entwicklung wird dieses Milieu zunächst in der AGM (aorto-gonadal-mesonephron) Region und dann in der fetalen Leber
gewährleistet, postnatal findet die Hämatopoese fast ausschließlich im
Knochenmark statt. Die Stammzellnische setzt sich aus zellulären Komponenten und extrazellulärer Matrix zusammen (Lo Celso und Scadden
2011).
Osteoblasten, Endothelzellen, mesenchymale Stromazellen und
Makrophagen, Adipozyten, aber auch
Osteoklasten, das autonome Nervensystem und regulatorische T-Zellen interagieren in komplexer Weise mit HSZ und regulieren die Homöostase und Zirkulation von Stammzellen in einem immunprivilegierten Umfeld. Die extrazellulären Matrixproteine (ECM) können direkt als
Ligand mit Molekülen an der Oberfläche von HSZ interagieren und deren Funktion beeinflussen (z. B.
Osteopontin). ECM können auch
Chemokine und Wachstumsfaktoren binden (z. B. Glykane) und so einen Gradienten im Mikromilieu bilden, um soluble Faktoren von funktioneller Bedeutung für Wachstum oder Differenzierung von Stammzellen in der Knochenmarknische anzureichern. Es wurden im Knochenmark zwei räumlich getrennte Stammzellnischen
definiert. Spezialisierte Osteoblasten an der endostealen Oberfläche von Knochen scheinen unterschiedliche Funktionen und Differenzierungsstufen von HSZ zu unterstützen (endosteale Nische). Während ruhende Stammzellen überwiegend in direktem Kontakt mit Osteoblasten nachgewiesen wurden, finden sich aktivierte HSZ im Kontakt mit sinusoidalen Gefäßzellen (perivaskuläre Nische). Hier erfolgt je nach Bedarf des Organismus entweder die Proliferation und Differenzierung in weiter differenzierte Tochterzellen der Hämatopoese oder eine Rückkehr der HSZ in den Ruhezustand.