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Erschienen in: Archives of Virology 6/2018

13.02.2018 | Annotated Sequence Record

Complete coding sequence of a novel picorna-like virus in a blackbird infected with Usutu virus

verfasst von: Steven Van Borm, Mieke Steensels, Elisabeth Mathijs, Claude Kwe Yinda, Jelle Matthijnssens, Bénédicte Lambrecht

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 6/2018

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Abstract

Using random high-throughput RNA sequencing, the complete coding sequence of a novel picorna-like virus (a 9,228-nt contig containing 212,202 reads) was determined from a blackbird (Turdus merula) infected with Usutu virus. This sequence shares only 36% amino acid sequence identity with its closest homolog, arivirus 1, (an unclassified member of the order Picornavirales), and shares its dicistronic genome arrangement. The new virus was therefore tentatively named “blackbird arilivirus” (ari-like virus). The nearly complete genome sequence consists of at least 9,228 nt and contains two open reading frames (ORFs) encoding the nonstructural polyprotein (2235 amino acids) and structural polyprotein (769 amino acids). Two TaqMan RT-qPCR assays specific for ORF1 confirmed the presence of high levels of this novel virus in the original sample. Nucleotide composition analysis suggests that blackbird arilivirus is of dietary (plant) origin.
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Literatur
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Metadaten
Titel
Complete coding sequence of a novel picorna-like virus in a blackbird infected with Usutu virus
verfasst von
Steven Van Borm
Mieke Steensels
Elisabeth Mathijs
Claude Kwe Yinda
Jelle Matthijnssens
Bénédicte Lambrecht
Publikationsdatum
13.02.2018
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 6/2018
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-018-3761-6

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