Die Pathogenese des
Morbus Behçet ist noch unbekannt. Es mehren sich jedoch die Hinweise, dass neben einer starken genetischen Komponente Störungen im angeborenen, unspezifischen Immunsystem und Umweltfaktoren (unter anderem bakterielle Infektionen) eine wesentliche Rolle spielen. Die wesentlichste und am längsten bekannte genetische Assoziation ist die mit HLA-B51, das bei 40–70 % aller Patienten nachweisbar ist. Diese macht jedoch nur ca. 20 % der genetischen Einflüsse bei Morbus Behçet aus. Diverse Assoziationsstudien weltweit, insbesondere aber die genomweiten Assoziationsstudien haben in jüngerer Zeit weitere Genloci aufzeigen können, welche die Wahrscheinlichkeit erhöhen, an einem Morbus Behçet zu erkranken. Diese wird dann als
Odds Ratio angegeben. Dieser Wert liegt für HLA-B51 bei 5–7, für andere Genloci wie HLA-A26, PSOR1S1, ERAP-1, STAT-4, IL-12/IL-23-Rezeptor-Gene oder das IL-10-Gen liegen sie bei 1,4–2, also deutlich niedriger. Eine wesentlich Rolle in der Pathogenese der Erkrankung scheinen die Gamma/delta-T-Zellen, natürliche Killerzellen und neutrophile Granulozyten zu spielen. Auf Zytokinebene scheint es sich um eine Th-1-Erkrankung zu handeln. Letztlich findet sich eine Überaktivität der neutrophilen Granulozyten und eine Vermehrung der Gamma/delta-T-Zellen sowie eine Erhöhung diverser proinflammatorischer
Zytokine. Es scheint sich nicht um eine klassische Autoimmunerkrankung, sondern um eine Erkrankung zu handeln, die sich pathophysiologisch zwischen den Autoimmun- und den
autoinflammatorischen Erkrankungen eingruppieren lässt. So können Reize wie psychischer Stress, operative Eingriffe, zahnärztliche Behandlungen, aber auch manche Impfungen oder Infekte zu Schüben oder Erstmanifestationen eines Morbus Behçet führen.